북한은 그동안 조선노동당 직속으로 대남전략기구를 설치, 운영해왔는데, 2009년 초 대남공작기구를 전면 개편하였다. 이 과정에서 그동안 ‘당(조선노동당)’에서 수행하던 대남공작권을 상당 부분 ‘군’(국방위원회)으로 이관하였다. 즉 국방위원회 직속으로 ‘정찰총국’을 신설하고 그 산하에 작전국(舊 당 작전부), 정찰국(구 조선인민군 총참모부 정찰국), 해외정보국(구 당35호실)을 배치하였으며, 당 대외연락부는 225부로 격하시키고, 당 통일전선부는 축소 유지하는 것을 골자로 하고 있다.
현재 북한의 대표적인 대남공작기구로 국방위원회 소속 정찰총국, 당소속 통일전선부, 225부 등이 있다.
국방위원회 직속으로 신설된 ‘정찰총국’에는 작전국, 정찰국, 해외정보국 등이 편재되어 있는데, 북한 대남공작의 본산이라고 할 수 있다. 이 중 ‘작전국’은 공작원들에 대한 기본교육훈련, 침투공작원 호송, 안내, 복귀, 대남테러공작 및 대남 침투루트 개척 등을 주 임무로 하고 있는 공작부서이며, ‘정찰국’은 무장공비 양성 남파, 요인암살, 파괴·납치 등 게릴라 활동, 군사정찰 등 대남 군사정보수집을 주 임무로 하는 공작부서이다. ‘해외정보국’은 주로 해외에서 대외대남 정보수집, 해외간첩 공작 및 국제·대남테러공작을 전담하고 있는 부서이다.
‘통일전선부’에는 대남심리전 및 남한관련 정보 및 자료를 분석, 연구하는 조국통일연구원(구 남조선연구소)을 운영하고 있다. 또한 위장 평화통일단체인 조평통(조국평화통일위원회), 해외동포원호위원회, 재북통일촉진협의회, 조국전선(조국통일민주주의전선), 아태평화위(조선아세아태평양평화위원회), 민화협(민족화해협의회), 단군민족통일협의회, 반제민전(반제민족민주전선, 구 한민전), 범민련(조국통일범민족연합), 범청학련(조국통일범청년학생연합), 6.15민족공동위원회 등이 있다. 이들 외곽단체들은 대남혁명을 위한 통일전선체이다.
‘225부’는 원래 당 소속의 대외연락부였으나 현재는 내각 소속으로 편재되어 있다고 알려지고 있다. 그러나 225부는 속성 상 내각과는 직접 관련이 없고 직접 김정일의 직접 지휘를 받고 있는 것으로 파악된다. 225부는 주로 공작원(간첩) 밀봉교육, 남파, 남한 내 지하당 구축공작 및 해외공작을 전담하는 대남간첩공작의 주무 부서이다.
북한군이 대남전략의 주도권을 잡았던 1960∼1970년대에는 비타협적 대남폭력투쟁을 일삼는 가운데 대남선전선동 등의 정치심리적 차원과 간첩남파를 통한 한국내 지하조직망 구성·유지 등의 공작도 병행하였다. 그러나 2000년 이후에는 대남협상, 남북경협, 대북지원 확보 등을 통한 실리확보에 진력해 오는 모습을 보였다. 이런 가운데서도 2010년 천안함폭침사건과 연평도포격사건을 자행하는 등 대남도발을 그치지 않고 있으며, 특히 ‘정찰총국’을 중심으로 한 각종 대남 공작기구를 통해 지속적으로 남남갈등, 국론분열을 획책하고 있다.