1923년 평양에서 출생했으며, 김일성의 사촌동생으로 알려져 있다. 김일성종합대학을 졸업하고 모스크바대학에 유학한 인물로서 1955년에 조선노동당 조직지도부 지도원으로 시작해 당 중앙위원회 정위원에 이르기까지 당 간부로서 역할을 하였음은 물론, 내각에서도 정무원 부총리를 지내는 등 요직을 거쳤다. 또한 1972년부터 오랜 기간을 최고인민회의 대의원으로 활동하였다.
김창주는 1955년 조선노동당 조직지도부 지도원으로 정치에 입문하여, 1982년 4월과 1994년 7월에 중앙위원으로 선출되었다. 1971년에 내각사무국 부국장으로 발탁되어 1972년 11월에 내각사무국 국장으로 승진되었으며, 1982년 4월에는 정무원 부총리 겸 농업위원장이 되었다. 1989년 10월에 농업위원회 위원장직은 해임당했으나, 부총리직은 1990년 5월에 유임되었다. 또한 1972년 12월에 최고인민회의 제5기 대의원이 된 이후 1998년 7월에 출범한 제10기 대의원에 이르기까지 줄곧 최고인민회의 대의원으로서 활약하였다. 한편 1994년 7월에는 김일성 국가장의위원회 위원으로, 1995년 2월에는 오진우 국가장의위원회 위원을 맡은 바 있다.
외교활동으로 1969년 7월에 조선․쿠바 단결위원회 대표단장으로 쿠바를 방문하였고, 주요 행사 참석으로는 1988년 3월 농민동맹 결성 60돌 기념보고회, 1993년 12월 ‘1994년 설맞이 공연’ 관람, 1994년 10월 전국 축산부문일꾼 열성자대회, 1994년 10월 김일성 사망 100일 중앙추모대회, 1995년 7월 김일성 사망 1주기 중앙추모대회, 1995년 7월 금수산기념궁전 개관식, 1997년 9월 김정일 총비서 추대 7개 중앙기관 당 대표회, 1997년 10월 당 창건 52돌 경축 중앙보고대회 등이 있으며, 1992년 4월에는 김일성을 수행하여 집단체조 〈수령님 모신 내나라〉를 관람하기도 했다.
2003년 11월 19일 숙환으로 사망하였다.
김창주는 1992년 4월에 김일성훈장을 받았다.