2005년 6월 21일부터 24일까지 서울에서 개최된 제15차 남북장관급회담에서 “농업분야 협력을 추진하기 위해 농업협력위원회를 구성 운영하되 제1차 회의를 7월 중순경 개성에서 개최”하기로 합의함에 따라 남북장관급회담 산하에 남북농업협력위원회를 구성․운영해 나가기로 합의하였다. 위원회는 쌍방에서 각기 차관(부상)급 위원장 1명과 위원 2∼4명으로 구성하기로 하였다. 그리하여 2005년 8월 18일부터 19일까지 이틀간 개성에서 남북농업협력위원회 제1차 회의를 개최했으며, 당시 양측은 각각 제안한 농업협력과제를 검토하고 조정하여 축산, 과수, 채소, 잠업, 특용작물 등의 농업분야에서 협력 및 지원 사업을 추진하기로 하였다.
남북농업협력위원회 제1차 회의에서 2005년 8월 19일 남북농업협력위원회 남측위원장 이명수 농림부 차관과 북측위원장 문응조 농업성 부상은 쌍방이 안정적이고 지속적인 농업협력을 실현해 나가기로 협의하고 ① 북측 지역에 시범 농장 선정 및 남북이 적극 협력하기로 합의, ② 생태환경보호를 위한 양묘장 조성과 산림병해충 방제에 합의, ③ 기술인력 교류 등 농업과학기술분야 협력 합의, ④ 농업 분야에서 다양한 협력사업 발굴 및 추진 합의, ⑤ 향후 농업분야 협력사업 추진을 위한 협의체 구축 등의 내용을 담은 합의문을 도출하였다.
북측은 2005년 신년공동사설에서 농업을 경제건설의 ‘주공전선’으로 설정, 농업 생산 향상에 정책의 비중을 높게 부여한 바 있다. 이는 남북 간에 농업협력 실현 가능성을 여는 계기가 되었다. 남측 역시 같은 해 1월 통일부장관의 다보스포럼 연설과 통일부 업무보고를 통해 역점추진과제의 하나로 포괄적 남북농업협력 추진 의사를 강하게 제시하였으며, 이를 뒷받침할 실무 대책을 세워나가고 있던 참이었다. 마침내 남북한 양측은 2005년 6월 서울에서 개최된 제15차 남북장관급회담에서 남북농업협력위원회를 구성․운영하기로 합의하였다. 2005년 6월 21일부터 24일까지 서울에서 개최된 제15차 남북장관급회담에서 농업분야 협력을 추진하기 위해 농업협력위원회를 구성 운영하되 제1차 회의를 7월 중순경 개성에서 개최하기로 합의하였다. 이에 따라 남북은 6․15공동선언의 기본 정신에 맞게 농업분야의 협력과 교류를 협의 추진해 나가기 위하여 남북장관급회담 산하에 남북농업협력위원회(이하 ‘위원회’)를 구성․운영해 나가기로 합의하였다. 위원회는 쌍방에서 각기 차관(부상)급 위원장 1명과 위원 2∼4명으로 구성하기로 하였다. 2005년 8월 18일부터 19일까지 개성에서 남측 위원장 이명수 농림부 차관과 북측 위원장 문응조 농업성 부상이 참가하는 남북농업협력위원회 제1차 회의가 진행되었다. 이 회의의 후속으로 2007년 11월 5일에는 개성 자남산여관에서 남북간 농업협력사업을 확대·발전시켜 나갈 수 있는 계기를 마련하기 위한 제1차 남북농업협력 실무접촉이 있었다.
남북농업협력위원회는 남북한 간 농업분야의 협력을 추진하기 위한 남북 간 협의체로서 남북 간 농업분야 협력을 기존 긴급구호성 지원에서 개발 지원․협력사업으로 방향을 전환하는 한편, 남북 당국 간 농업협력의 추진방향에 대한 공감대를 형성하고 의미 있는 시범적 협력사업을 추진하기로 합의한 데 큰 의의가 있다.