자남산여관은 1972년에 건설이 완공되어 운영을 시작한 대외봉사기지이다. 선죽교 바로 옆에 위치하고 있으며 1972년 9월 24일에 김일성 주석이 직접 방문했던 여관으로 직원들의 자부심이 대단하며, 매년 9월 24일 자남산여관에서는 큰 행사를 개최한다.
자남산여관의 연건축면적은 7,200여㎡로서 4층(앞) 부분 건물과 2층(뒤) 부분 건물이 한 덩어리를 이루면서 역동적인 모양새를 이루고 있다. 4층 건물의 아랫 부분에는 현관홀이 있고, 그 옆에는 열람실, 기념품매대 등이 있다. 4층 건물의 나머지 부분은 호실과 휴게실로 이루어져 있다.
자남산여관에는 계단과 함께 2대의 승강기가 설치되어 있다. 50여 개의 호실들은 등급에 따라 서로 다른 구조로 이루어져 있다. 각각의 호실에는 현대적인 가구와 위생시설이 갖추어져 있다. 여관의 호실, 매대, 문화오락실 등은 현대적 설비로 만들었다. 뒤의 2층 건물은 대부분이 주방과 창고로 이용되고 있다.
자남산여관의 겉모습은 흰벽면과 두드러진 벽기둥으로 조화를 이루게 하고 밝고 시원하게 하였으며 주변의 풍치와 잘 어울리도록 하였다. 건물좌측부에는 방지형 연못, 우측부에는 인공폭포와 연못이 만들어져 있다. 자남산여관은 북한 주민들뿐 아니라 개성시를 방문한 외국의 여행자들에게도 서비스를 제공한다.
자남산여관은 2007년 남북정상회담 개최를 위한 준비 접촉을 개최한 곳이기도 하며 2010년 10월의 남북적십자회담, 임진강 수해방지 실무협의회, 백두산 화산 공동연구 등을 위한 남북접촉 장소로 자주 이용되는 곳이다.