한국동요작곡통신교실을 모체로 설립이 되었으며, 한국작곡동요연구회를 거쳐 한국동요음악협회로 발전하였다.
창작 동요의 활성화 및 회원들의 창작 실력 배양과 창작 의욕 고취를 목적으로 설립되었다.
1964년 10월 설립된 한국동요작곡통신교실을 모체로 1969년 1월 18일 설립되었다. 초대회장에는 손대업이, 2대회장에는 1980년 5월부터 정세문이, 3대회장에는 1997년 4월부터 이문주가, 4대회장에는 1999년 4월부터 한용희가 역임을 하였다. 2004년 3월 27일 한국동요음악협회로 개칭이 되면서 회장직에 한용희가 재추대되었고, 2005년 4월부터 현재는 오세균이 회장직을 맡고 있다.
설립 초기에는 주로 초등학교 음악교사의 동요 창작 실력 배양을 위한 사업을 펼치다가 점차 사업내용과 역할 및 기구를 확대시켜나갔다. 한국동요작곡통신교실 시절인 1965년부터 매년 전국교사동요작곡 강습회를 개최하였으며, 2004년 한국동요음악협회로 변경되기 전까지 총 28편의 회원 작곡집을 발간하였다. 그리고 1973년부터는 전국어린이 동요작곡실기대회를, 1976년부터는 어린이 노래잔치를, 1994년부터는 어린이 노래부르기대회를, 1999년 1월부터는 한국동요음악제를, 2001년 3월부터는 가창지도자 세미나를, 2001년 6월부터는 한국동요음악콩쿠르를 개최하였다. 그밖에도 여러 차례의 해외 연주를 실시하였고, 창작 동요 음반을 제작 보급하기도 하였다.
전국 규모의 단체로 전국에 시도 지부를 두었으며 회원 수는 약 300여명이었다. 1999년 7월 사단법인 한국음악협회의 산하단체로 가입하였으며, 2004년 3월 27일 한국동요음악협회로 재탄생하였다.
회원들의 동요 창작 실력을 배양시키고 창작 동요를 연구하고 보급하는 역할을 하였다.
한국 최초의 전국 규모의 동요 단체 및 중심적인 동요 단체로서의 역할을 하였으며, 동요 작곡가의 육성에서 비롯하여 창작 동요의 연구와 보급에 이르기까지 한국 동요의 발전에 많은 기여를 하였다.