1872년 7월 2일에 태어났다. 다른 이름은 김문옥(金文玉)이며, 평안북도 의주 출신이다.
1908년 이전의 활동 내용은 잘 알 수 없다. 1908년에 신민회(新民會) 의주지회(義州支會)의 반장과 사찰로 활동하였다. 1911년에 일제는 한국 독립운동 세력을 제거하기 위해서, 1910년 12월에 안명근(安明根)이 초대 조선 총독인 데라우치 마사다케[寺內正毅]를 사살하려던 ‘데라우치 암살미수사건’을 확대 조작하여 신민회 회원을 검거하고 기소하였던 ‘105인 사건’을 일으켰다. 김기창도 이 때 체포되어 신문을 받고 풀려났다.
그 뒤 1914년에 중국으로 망명하여 독립운동을 펴 나가다가, 1919년 10월 30일에 대한민족대표로 대한민국 임시정부의 대한민족대표독립선언서에 서명하였다. 이후 흥사단(興士團)에 가입하고서 도산 안창호(安昌浩, 1878∼1938)와 연계하여 독립운동을 전개하였는데, 1925년에도 안창호·이종오(李鍾旿) 등과 함께 계속 독립운동을 펴나갔다. 1950년 9월 2일에 사망하였다.
2003년에 건국포장을 받았다.