2008년 부산광역시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 여래상 높이 86.5㎝, 보살상(좌) 높이 79㎝, 보살상(우) 높이 80㎝. 본존인 석조여래좌상을 중심으로 좌우에 보살상이 앉아 있는 삼존상 형식의 불석제(佛石製) 불상이다. 삼존상은 여래와 보살이라는 도상적 차이는 있으나 신체 비례와 얼굴, 옷주름 표현 등에서 거의 유사성을 보인다. 신체가 짧고 무릎은 넓은 편이며 넓적한 방형의 얼굴에는 근엄함이 넘친다. 두 손은 무릎에 밀착되어 조각되었으며, 꽃잎모양으로 접은 승각기와 힘이 있는 단순한 옷주름 등이 특징이다. 1987년 개금중수가 이루어져 전체적으로 보존 상태가 좋다.
본존불상인 여래상은 고개를 앞으로 숙여 아래를 향하고 있으며 당당한 자세에 위엄있는 모습을 보인다. 편삼 위에 대의를 입은 변형 통견식이며 오른손은 무릎에 대어 촉지인을 한 것 같지만 검지와 약지를 펴고 나머지는 구부려 양 무릎 위에 올려놓아 차이점을 보인다. 반면 왼손은 손가락을 모두 편 채 손바닥을 위로 향하였다. 낮은 육계에 중간계주와 중앙계주가 있으며 나발은 매우 세밀하게 조각하였다. 얼굴 표정은 엄숙하면서도 근엄하지만 온화함이 배어 있다.
보살상들은 머리 위에 나무로 만든 화려한 보관을 썼으며 정수리에는 짧고 뭉툭한 상투머리(보계)가 보관 위로 살짝 보인다. 머리카락은 귀 중간을 가로질러 어깨 위에서 몇 가닥으로 갈라져 흘러 내렸다. 두 보살상은 서로 거의 비슷한 모습이지만 착의법과 손모습, 장신구 등에서는 차이를 보인다. 좌협시보살상은 팔뚝지와 팔찌를 장식하고 천의를 입었는데, 숄(shawl)형으로 양어깨에 두른 천의 한 가닥이 어깨 아래로 팔을 휘감아 흘러내렸다. 우협시보살상은 여래상과 같은 변형 통견식 대의를 입어 차별화하였다. 두 보살상 모두 배 앞에 양손을 두어 선정인을 취하였으며 좌협시는 손가락을 모두 폈으나 우협시는 오른손 엄지손가락을 구부려 차별화하였다.
운수사 석조여래삼존좌상은 큰 얼굴에 짧은 신체 비례를 보이며 특히 얼굴형이 가로로 더 넓어 인상적이다. 어깨보다 무릎이 넓어 안정감 있는 자세를 보이며 각이 뚜렷하면서 단순한 형태의 옷주름이 특징이다. 협시보살상이 각기 다른 대의와 천의를 입어 차별화한 점이라든가 여래상의 독특한 수인 형식 등은 17세기 불상에 간혹 등장하는 특징들이다. 또한 불상의 측면이 두꺼워 둔중한 느낌을 준다든가 높은 무릎과 뭉툭한 상투머리 등은 불석제 불상에 나타나는 형식으로 이해된다. 운수사 대웅전 석조여래삼존좌상은 본존불의 독특한 손 모습이나 가로로 넓은 근엄한 얼굴 인상 등의 특징으로 17세기에 제작된 것으로 추정되며, 경상도 지역에서 유행한 불석제 불상의 형식과 도상 연구에 중요한 자료이다.