2013년 충청남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 높이 73.5㎝, 무릎 너비 51.4㎝. 공주 마곡사의 소속 암자인 청련암 인법당에 봉안되어 있는 목조관음보살좌상이다. 내부에서 발원문을 포함한 후령통, 경전류 등의 복장 유물이 발견되어 이 보살상이 1701년 조각승 마일(摩日)에 의해 제작되었음을 알 수 있다.
청련암 목조보살좌상은 중앙에 화불(化佛)이 있는 보관을 쓰고 있어 관세음보살임을 알 수 있으며, 보관에는 화염보주와 국화, 새 등을 장식하여 크고 화려한 모습을 보인다. 그리고 좁은 어깨에 넓고 당당한 무릎이 주는 안정된 비례감과 단정한 조형성이 돋보이는 작품이다. 신체에 비해 큰 방형의 얼굴에는 턱 선이 갸름하고 눈꼬리가 올라간 긴 눈, 콧등이 편평한 코, 입술선이 뚜렷한 야무진 입 등을 표현하여 당당하면서도 온화한 여성미를 자아낸다. 손 모습은 오른손을 가슴 위로 올리고 왼손은 무릎 위에 두어 엄지와 중지를 맞대었으며 편삼 위에 양어깨 위로 두른 변형통견식의 대의를 걸쳤다. 옷주름은 단순하면서도 힘이 느껴지는데 특히 두 무릎 사이로 모아져 흘러내려 넓게 퍼진 옷자락은 부드러우면서도 볼륨감 있게 조각되었다. 이외에도 가슴까지 올려 입은 승각기, 각 지게 접힌 왼쪽 목깃 등의 표현에서 스승격인 혜희의 영향이 느껴진다. 한편 왼쪽 다리 위 넓적한 옷자락과 다리 사이 가운데 옷주름의 지그재그형 끝단 처리 등은 마일 작품에서 보이는 공통된 특징이다.
이 보살상을 제작한 조각승 마일은 혜희(惠熙, 慧熙)의 차화승으로 1655년 법주사 원통보전 목조관음보살좌상의 제작에 처음 등장한다. 이후 우두머리 조각승이 되어 1685년 안성 칠장사 대웅전 목조석가삼존불좌상, 1688년 김해 은하사 석조석가삼존불좌상 등을 조성하였다. 그리고 마지막으로 1701년 상현(尙玄), 대심(大心) 등과 함께 마곡사 청련암 목조관음보살좌상을 제작하였다. 즉 마일은 17세기 중엽경의 조각승인 혜희와 관련되며 활동 시기는 17세기 후반에서 18세기 초로 추정된다. 또한 경기도, 경상도, 충청도 등에서 폭넓게 활동했음을 알 수 있다. 안성 칠장사 대웅전 목조석가삼존불좌상은 2009년 경기도 유형문화재로 지정되었다.
청련암 목조보살좌상은 발원문을 통해 1701년에 조각승 마일이 제작하였음을 알 수 있다. 당당하면서도 안정적인 비례감과 두꺼우면서도 세련된 옷주름 표현 등 조형적으로도 우수한 작품이다. 이 보살상은 조각승 마일의 말년 작품으로 마일이 제작한 불상의 변천 과정을 확인할 수 있으며 조각승 혜희의 유파와 17세기에서 18세기로 넘어가는 단계의 불교조각사 연구에 중요한 자료로 평가된다.