2005년 충청남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 높이 131.2㎝, 무릎 너비 92.5㎝. 은석사 보광전에 봉안된 목조여래좌상으로 전반적으로 보존 상태가 좋은 작품이다. 상반신이 긴 장대한 신체, 좁은 어깨와 넓은 무릎의 안정감 있는 비례, 몸에 비해 큰 방형 얼굴, 근엄하고 단정한 인상, 꽃잎형으로 접힌 승각기 등이 특징이다.
은석사 목조여래좌상은 고개를 내민 자세로 결가부좌하였는데 오른손은 항마촉지인을 취하고 왼손은 손바닥을 위로 하여 엄지와 중지를 맞대었다. 머리에는 경계가 불분명한 둥근 육계에 정상계주와 중간계주가 있다. 정방형에 가까운 각진 얼굴은 옆으로 긴 눈, 오뚝한 콧날, 작고 야무진 입, 큼직한 귀 등을 표현하여 단정한 인상을 준다. 착의법은 오른팔이 드러난 변형 편단우견식의 대의를 입었으며, 가슴에는 가운데를 중심으로 곱게 접은 꽃잎형의 승각기를 표현하였다. 옷주름은 단순한 편이며 다리 사이의 옷주름은 비슷한 간격으로 넓게 주름을 잡았다.
목조여래좌상은 자세나 비례, 방형의 얼굴, 착의법, 항마촉지인의 손 모습 등은 조선 후기 석가불상에 표현된 공통된 특징이며, 상체가 긴 장대한 신체 표현이라든지 넓은 무릎 표현 등은 17세기 불상의 특징이다. 또한 가로와 세로 크기가 거의 같은 사각의 얼굴에 선명하고 예리한 이목구비 등은 혜희(慧熙) 계보의 얼굴 표현과 비슷하게 느껴진다. 즉 은석사 목조여래좌상은 조선 후기의 석가여래상으로, 혜희의 작품에 영향을 받은 17세기 후반의 작품으로 추정된다.
은석사 목조여래좌상은 안정적인 비례와 근엄한 인상, 단순한 옷주름이 특징이다. 제작 연대는 17세기로 추정되며 조선 후기 불상과 조각승 혜희의 계보 연구에 도움이 되는 자료적 가치를 보이는 불상이다.