1989년 3월 25일 전국민족민주운동연합(전민련) 상임고문인 문익환 목사와 유원호, 재일작가 정경모가 북한의 조국평화통일위원회(조평통) 초청으로 평양을 방문했다. 같은 시기 한국민족예술인총연합(민예총) 대변인인 소설가 황석영도 평양에 도착했다.
4월 2일 문익환 목사 일행은 김일성 주석과 두 차례 회담을 가진 후 조국평화통일위원회와 9개항에 이르는 공동성명을 발표했다. 4월 13일 정부는 김포공항으로 귀환한 문익환 목사 일행을 「국가보안법」 위반 혐의로 구속했다.
1988년 1월 1일 북한의 김일성 주석은 신년사에서 남북정치협상회의를 제안하면서 남한의 각 정당 당수와 김수환 추기경, 백기완과 함께 문익환 목사를 초청했다. 그해 남한에서는 6·10남북학생회담 무산과 8·15남북학생회담 출정식 등 청년·학생들의 통일운동이 정부의 저지를 받았고, 각계의 남북교류 제의가 거부되는 등 통일운동에 대한 탄압이 이루어지고 있었다. 이런 가운데 중단된 남북 간의 대화를 위해 문익환 목사 일행은 북한의 초청에 응하는 방식으로 방북을 결정했다.
문익환 목사 일행은 평양공항에 도착한 후 발표한 성명에서, “일찍부터 평양을 방문해 김일성 주석과 만나 마음을 열고 민족의 장래를 기탄없이 이야기하고 싶은 희망을 갖고 있었다”고 말했다. 그들은 김일성과 회담 후 조국평화통일위원회와 가진 공동성명에서 “7·4남북공동성명에서 확인된 자주 평화통일 민족대단결의 3대 원칙에 기초해 통일문제를 해결해야 한다”는 것을 확인했다. 또한 한반도 분열의 지속 반대, 정치군사회담 추진과 이산가족문제 등 다방면의 교류와 접촉 실현, 공존 원칙에 입각한 연방제 방식의 통일지지, 팀 스피리트(Team Spirit) 합동군사연습이 남북대화 및 평화통일과 양립할 수 없음을 확인하고, 전민련이 제안한 범민족대회 소집을 지지하는 등 9개항을 발표했다.
문익환 목사 일행은 10일간의 방북 일정을 마친 뒤 일본을 거쳐 4월 13일 귀국했다. 정부는 이들이 귀국하자마자 사전 구속영장을 집행해 「국가보안법」상 지령수수, 잠입탈출, 회합통신, 찬양고무 등의 혐의로 구속·수감했다.
노태우 정부의 대북 창구단일화를 정면으로 비판하면서 이루어진 문익환 목사 일행의 방북은 정부에 커다란 충격을 주었고, 강경한 대응을 불러왔다. 정부는 “문익환 목사 등의 평양 밀행이 김일성 집단의 일관된 대남분열정책의 소산이며 반국가적 행동”이기 때문에 구속 수사한다는 방침을 밝혔다.
이 사건을 계기로 정부는 공안합동수사본부를 설치해 재야단체와 인사들에 대한 전면적인 수사에 나섰고, 이 과정에서 북한과 교류·접촉을 시도하던 리영희·고은·이재오·이부영·조성우 등이 「국가보안법」 위반 혐의로 구속되었다.