롱갈리트파동은 1966년 검찰이 공업용 환원 표백제인 롱갈리트(rongalite)를 사용한 7개 제과업체를 입건한 사건이다. 1966년 11월에 검찰이 「식품위생법」에 의거하여 사탕, 과자, 엿 등을 제조할 때 공업용 환원 표백제인 롱갈리트를 사용한 7개 제과업체 관계자를 구속하고 수사를 다른 식품업체로 확대하자, 이에 대해 보건사회부(현 보건복지부)는 롱갈리트가 관행적으로 사용되어 왔고 안전하다고 주장하며 검찰과 대립하였다. 이 사건은 향후 식품 첨가물 인허가 관리 제도가 정립되는 계기가 되었다.
1966년 11월 10일 검찰이 「식품위생법」에 의거하여 사탕, 과자, 엿 등을 만들 때 공업용 환원 표백제인 롱갈리트(rongalite)를 사용한 7개 제과업체 관계자를 구속하였다. 이후 검찰은 다른 식품업체들까지도 수사 대상을 확대하였다. 롱칼리트파동 직후 보건사회부(保健社會部: 지금의 보건복지부)도 검찰에 보조를 맞추어 지역 보건소에 지시하여 롱갈리트를 사용한 업체를 조사하였다. 그런데 파동이 일어난 지 4일 후인 11월 14일 보건사회부는 태도를 바꾸어 1962년에 「식품위생법」의 규제 방식이 변경되며 롱칼리트 사용이 갑자기 불법이 된 것이므로 롱칼리트 사용을 용인해야 한다고 제조업자 편을 들기 시작하였다. 롱갈리트파동이 중앙정부 책임론으로 확대되자 보건사회부와 검찰은 서둘러 타협하였다. 검찰은 11월 29일 7개 제과업체 관련자를 기소하는 것으로 마무리하고, 보건사회부도 12월 2일 롱갈리트 합법화를 포기하였다.
검찰은 조사 대상을 확대하여 7개 제과업체 책임자는 물론 이를 관리하는 서울시 위생시험소, 용산 보건소 등 9개 보건소 직원을 소환하였다. 그러자 7개 제과업체 이외 다른 제과업체도 롱갈리트를 사용하였고, 과자만이 아니라 빵, 설탕, 밀가루, 조미료 등 13종 식품에도 롱칼리트가 사용되었다는 의혹이 잇달아 불거졌다. 롱칼리트파동 직후 보건사회부도 검찰에 보조를 맞추어 지역 보건소에 지시하여 롱갈리트를 사용한 업체를 조사하였다. 그런데 롱칼리트파동이 일어난 지 4일 후인 11월 14일 보건사회부 태도가 돌변하였다. 보건사회부는 롱갈리트가 관행으로 사용하던 안전한 물질인데 1962년 「식품위생법」의 규제 방식이 변경되며 롱갈리트가 갑자기 불법이 된 것이므로 용인해야 한다고 제조업자 편을 들기 시작하였다. 당시 정희섭 보건사회부장관은 1966년 11월 14일 공업용 환원 표백제인 롱갈리트를 넣어 사탕을 만든 동양제과 등 7개 제과업체에 대해 영업 정지 처분을 내리고 수거 · 폐기하도록 한 검찰의 행정 조처를 일단 보류 조처하였다. 그 이유는 서울시 위생시험소에서 감정을 한 동양제과의 ‘오리온 드로프스’에서 인체에 유해한 농도인 0.3%보다 2백분의 1이나 적은 0.006%의 롱갈리트가 검출되어 안전할 뿐만 아니라 현재 양조업에는 0.06%를 사용할 수 있도록 허가되어 있다는 점을 예로 들었다. 정 장관은 롱갈리트는 현 제조 과정에서 표백 작용만을 하고 그 성분은 최종 제품이 완성되기 전에 대부분 빠져 나오므로 인체에 유해성이 거의 없다는 주장이다. 다만 현 「식품위생법」 상 표백제로서는 아황산, 활성탄만을 쓸 수 있게 하고 있고 롱갈리트는 허용되어 있지 않아 불법적으로 사용한 것은 사실임을 밝혔다. 또한 말썽이던 과자류의 정량적 검사 지시를 국립보건원에 다시 내렸음을 밝히고 인체 유해성 여부가 정확하게 판가름 날 때까지 판매 금지만을 하도록 각 시 · 도에 지시하였다. 또한 정 장관은 우리나라 경제 사정상 물가 안정을 위해 값이 비싼 활성탄이나 아황산만을 허용한 「식품위생법」을 개정하여, 제과업체에서도 양조업처럼 롱갈리트를 일정한 정량 범위 내에서 쓸 수 있도록 허용할 방침이라고 밝혔다. 이는 롱갈리트를 대체할 수 있는 환원 표백제를 구하기 힘드니 이번 기회에 롱갈리트를 합법화시키겠다는 것이었다.
롱갈리트는 탈색 작용을 하는 공업용 환원 표백제로서 의류업자가 직물을 염색하기 전에 사용한다. 보통은 롱갈리트 C라 부르는 나트륨염이고, 무색의 결정, 환원제로서 염색 공업에 사용된다. 롱갈리트 Z라 하는 것은 물에 녹기 어려운 무색 분말, 강력한 환원제이며 견직, 양모, 화학 섬유 등의 발염 표백에 사용된다. 그러나 제과업자도 사탕 · 과자 · 엿을 만들 때 물엿의 갈색을 희게 만들어 색소를 곱게 입히고자 이를 표백제로서 사용한다. 롱갈리트파동이 일어나자 언론은 연일 롱갈리트의 유해성을 보도하였다. 롱갈리트에서 발생하는 포르말린에 중독되면 눈 · 기도 · 점막 자극, 흉부 압박감, 구토, 위통 등의 증세를 일으키고 롱칼리트를 과다 섭취하면 사망에 이른다는 사실을 알리면서 일파만파를 일으켰다.
롱갈리트파동을 둘러싸고 검찰과 보건사회부는 상반된 태도를 보이며 대립하였는데, 이후 보건사회부가 롱갈리트 합법화를 추진하며 두 부처는 국무회의에서 공공연히 충돌하였다. 롱갈리트파동이 중앙정부 책임론으로 확대되자 보건사회부와 검찰은 서둘러 타협하였는데, 검찰은 11월 29일 7개 제과업체 관련자를 기소하는 것으로 마무리하고, 보건사회부도 12월 2일 롱갈리트 합법화를 포기하였다. 롱갈리트파동을 계기로 1962년 제정된 「식품위생법」의 모순을 깨닫고 우리나라가 유해 식품을 어떻게 관리하고 통제할 것인가를 논의하기 시작하였다. 이 사건을 계기로 1967년 보건사회부 내에 식품위생과가 설치되었고, 롱갈리트파동은 식품 안전을 보다 합리적으로 관리하는 계기가 되었다.