지방 고을에서 환곡을 받아들일 때는 말[斗, 1말=약 18ℓ]이나 섬[石, 1섬=약 180ℓ]으로 계량하여 곡식을 징수하지만, 나누어 줄 때에는 때때로 섬 단위로만 계산하여 다시 계량하지 않았다. 이런 제도의 허점을 이용하여 창고를 관리하는 아전은 온전한 한 섬이 되지 않는 양을 1섬으로 분급하거나, 온전한 곡식에 겨와 쭉정이를 섞어서 1섬을 여러 섬으로 만들어 분급하였다. 이를 방지하기 위해서 환곡을 나누어 줄 때에는 지방관이 직접 나서서 감독하도록 지시하곤 하였다.
정약용은 『 목민심서』에서 아전들이 농간을 부리는 방법을 설명하고 있다. 본래의 액수를 채워 넣는 입본(立本), 허락받은 것보다 많은 양의 환곡을 동전으로 바꾸는 가집(加執), 분급하지 않은 환곡의 절반을 농민에게 그냥 물게 하는 반백(半白) 등이 그것이다.
정약용은 분석에 대해 환곡을 운영하는 과정에서 아전들의 부정 행위로 설명하였지만, 조선 후기의 지방 재정이라는 관점에서 고려할 점도 있다. 조선 후기에 각 지방의 창고를 조사할 때 창고 조사에 대비하여 매년 얼마씩 모아 둔 곡식인 번여곡(反餘穀)이나 창고 바닥에 흘려진 것을 모아둔 썩고 축축한 곡식인 소고곡(掃庫穀)이라는 명칭이 나타나고 있다. 이는 환곡을 창고에 오랫동안 보관할 때 나타나는 문제들이었다.
전세와 대동세는 봄과 가을에 서울로 상납하지만 환곡은 지방에 비축하고 있었기 때문에 운영 과정에서 농간이 발생할 소지가 있었다. 그러나 모곡(耗穀)의 대부분을 중앙 재정에 사용하는 조선 후기의 현실 속에서 지방관은 환곡을 징수할 때에 곡식의 품질을 검사한다는 명목으로 간색미(看色米)와 환곡을 계량하는 과정에서 발생하는 낙정미(落庭米) 등을 징수하여 지방 관아의 인건비로 사용하고 있었다.
또한 창고에 곡식을 보관하는 과정에서 번여곡과 소고곡이 나타나기도 하였다. 곡식을 창고에 보관하는 과정에서 나타난 잉여곡은 아전들의 착복에만 사용되는 것이 아니라 지방 재원에 활용되는 구조인 것이다.