본관은 경산(京山). 자는 제겸(濟謙), 호는 석연(石淵). 아버지는 이성철(李性喆)이며, 어머니는 동래정씨(東萊鄭氏)로 정영래(鄭榮來)의 딸이다. 송환기(宋煥箕)의 문인이다.
1798년(정조 22) 생원시에 3등으로 합격하였으나 벼슬보다는 경학 연구와 후진 양성에 심혈을 경주하였다. 성리학과 예학(禮學)에 밝아 이의조(李宜朝)와 많은 문답을 나누었다.
성리설에 있어서는 주로 인물성동이론(人物性同異論)에 관한 논설이 많으며, 사승(師承)에 따라 호론(湖論)을 지지하였다. 향약을 결성, 풍속 순화에 힘쓰고, 스승 송환기가 죽자 노강서원(老江書院)에 추배하는 데 힘썼다.
또한, 글씨에도 능하여 현판과 금석문에 이우세의 글씨가 많이 남아 있다. 저서로는 『석연문집(石淵文集)』 3권과 『향약증해(鄕約增解)』 등이 있다.