목조란 일반적으로 많은 대중이 운집하는 사찰 법회 때 배식용도로 사용되었던 목식통으로 알려져 있다. 원래는 조선시대 사찰에 부과되었던 종이 만드는 부역인 지역(紙役)과 관련하여 닥종이의 원료를 풀 때 사용되었던 용기로 추정되며, 비교적 규모가 큰 사찰에는 1∼2점씩 전래된다. 용문사 목조의 제작시기는 조선 후기로 추정되며, 2005년 7월 21일 경상남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.
1기의 목조로, 전체 길이는 672㎝, 폭은 100㎝이다. 형태는 원통형 통나무의 중앙을 파서 만들었으며, 나무통 양 끝에 각각 37㎝, 47㎝의 턱받이가 마련되어 있다.
그 중 한 곳은 턱받이 밑에 부착된 세로 부재에 직경 7.5㎝의 원공이 관통되어 있으며, 용기 내부의 중앙 바닥에도 배수를 위한 직경 5.5㎝의 원공이 뚫려 있다.
목조와 관련된 자료로는 현재 통도사에 소장된 두 점의 지조(紙槽)와 닥을 갈 때 사용하던 판석, 지역(紙役) 혁파와 관련된 문서 등이 함께 남아 있어 용례를 살필 수 있는데, 이 용문사의 것은 나무로 만든 것이 다르며, 구조나 용례는 비슷하였을 것으로 보고 있다.
남해 용문사의 목조는 그 규모가 꽤 크고 상태가 양호하여, 자료로서의 가치가 크다.