운곡사(雲谷寺)는 청양 장곡사(長谷寺), 예산 안곡사(安谷寺), 공주 마곡사(麻谷寺)와 더불어 호서지방의 사곡사(四谷寺)로 불렸을 정도로 규모가 큰 사찰이었다. 19세기 후반에 폐사되었는데, 운곡사에 있던 운학루(雲鶴樓)가 칠갑산 장곡사에 옮겨 세워져 있다.
운곡사의 창건 시기에 관한 기록은 찾을 수 없지만 고려시대의 기와 조각이 발견되므로 고려시대에 창건되었을 것으로 추정된다. 16세기에 편찬된 『신증동국여지승람(新增東國輿地勝覽)』과 18세기에 편찬된 『충청도읍지(忠淸道邑誌)』와 『범우고(梵宇攷)』에는 이 사찰이 존속하는 것으로 기록되어 있다. 그러나 1871년에 간행된 『호서읍지(湖西邑誌)』에는 폐사되었다고 적고 있고, 1872년의 『충청도지도(忠淸道地圖)』에서는 “운곡사고지(雲谷寺古址)”, 즉 “운곡사 옛터”라고 기록되어 있다. 따라서 19세기 중반까지는 사찰이 운영되다가 후반에 폐사된 것으로 보인다. 운곡사의 절터에는 90㎝ 정도 크기의 석조여래좌상(石造如來坐像)이 있었다고 전하지만 지금은 행방을 알 수 없다. 유물로는 석종형(石鍾形) 부도 1기가 남아있고, 이 절에 있던 운학루는 칠갑산 장곡사로 옮겨졌다.