대한불교조계종 제7교구 본사인 수덕사(修德寺)의 말사이다. 창건에는 여러 가지 이설(異說)이 있다.
첫째는 677년(문무왕 17)에 의상(義湘)이 창건하였다는 설이다. 의상이 이 절을 창건할 때에 도둑의 무리들이 몇 번이나 달려들어 허물어버리자, 선묘(善妙)의 화신(化身)인 용(龍)이 크게 노하여 큰 바위를 공중에 띄워 빙글빙글 돌리면서 금시라도 떨어뜨릴 기세를 보였다. 도둑들은 혼비백산하였고, 절을 창건한 뒤 선묘의 호법(護法)을 기념하기 위하여 부석사라 하였다고 전한다. 그러나 이 설화는 경상북도 영주의 부석사에 얽힌 설화이므로 의상의 창건 또한 신빙성이 없다. 현재 절 앞 10㎞ 지점의 바다에 부석섬이 있고 이 절이 있는 산 이름을 섬이 날았다는 뜻에서 도비산이라 한 것이 모두 이 설화와 관련된 것이다.
또 다른 설에는 고려 말의 충신 유금헌(柳琴軒)이 망국의 한을 품고 물러나 이곳에다 별당을 지어 독서삼매로써 소일하였는데, 그가 죽자 승려 적감(赤感)이 별당을 사찰로 변조하였고 사찰명도 바다 가운데 있는 바위섬이 마치 뜬 것같이 보이므로 부석사라 하였다고 한다.
두 가지 창건설 중 후자가 다소 신빙성이 있다. 창건 이후 조선 초기에 무학(無學)이 중건하였고 근대에는 만공(滿空)이 주석하면서 선풍을 떨치기도 하였다.
현존하는 당우로는 극락전을 비롯하여 심검당(尋劍堂)과 요사채, 산신각 등이 있으며 극락전 앞에는 안양루(安養樓)가 있는데 서해를 향하고 있다. 심검당 앞에 있는 부석약수는 유명하다. 극락전 내에 봉안되어 있었던 아미타삼존불은 상호가 빼어난 수작이었으나 1980년에 도난당하였다.
현재 일본 쓰시마 관음사(觀音寺)에 있는 금동관음보살상은 1330년(충혜왕 17)에 이 절에서 조성하여 봉안한 것인데, 고려 말에 왜구에게 약탈되었던 듯하다.