교토국제학교는 학교법인 교토국제학원에서 운영하는 교토국제중학교와 교토국제고등학교로 우리나라와 현지 교포사회에서는 교토한국학교라 통칭하는 교육기관이다. 1946년 5월 교토조선인교육회를 결성하고 1947년 5월 13일 교토조선중학교를 개설하고 같은 해 9월 8일 교토부지사로부터 인가를 얻었다. 이후 1951년 재단법인 동방학원 동방학원중학교, 1958년 학교법인 교토한국학원 교토한국중학교로 개칭하였다. 한국정부는 1961년 5월 11일 교토한국중학교를 학교법인으로 인가하였고, 1965년 9월 16일 교토한국고등학교의 설립을 또한 인정하였다. 일본에서는 2003년 12월 12일 교토부 일본정규사립학교의 하나로 교토국제중학교와 교토국제고등학교의 설치를 인가받았다. 아울러 2004년 4월 1일 학교법인 명칭을 교토한국학원에서 교토국제학원으로 변경하였다.
1946년 9월 김구연(金九淵) 등을 중심으로 교토에 거주하는 재일교포들이 결성한 교토조선인교육회에서 교포자녀들을 위한 민족교육기관의 설립을 계획하여, 이듬해 5월 13일 중학교 과정의 교토조선중학교를 설립하게 되었다. 개교 당시는 중학교 1·2학년과 전수과를 설치하고 4학급 150명으로 출발하였다. 같은 해 9월에 학교명을 교토조선중학교로 정하였고 각종학교로 인가되었으며 유석준(兪錫濬)이 초대 교장에 취임하였다.
1951년 재단법인 동방학원(東邦學園)이 설립된 후 학교의 운영을 맡게 되면서 학교명을 동방한국중학교로 변경하였다가, 1958년에 학교법인 교토한국학원으로 바뀌면서 다시 교토한국중학교로 개칭되었다. 1960년 우리 정부(문교부)로부터 모범학교 건설교로 지정된데 이어, 1961년 정규 중학교로 인가되었다. 1963년 4월에 교토 한국고등학교병설이 인가(일본 각종 학교)되어 2학급에 73명이 입학하였으며, 1965년에 문교부의 인가를 받았다.
1960년 우리 정부는 학교건설계획을 결정한 당시부터 새교사 건설을 추진하였다. 그러나 당시 일본의 재일한국인 민족교육에 대한 이해 부족과 차별의식 등으로 20여 년 이상 공사가 지연되었다. 1983년에 이 문제가 해결되어 공사를 추진, 이듬해 8월에 준공되어 현재의 신축교사로 이전하였으며 1997년 개교 50주년 행사를 하였다.
2017년 현재 중 · 고등학교 9학급의 재학생 164명으로 매우 적은 인원수이나 학생수를 증가시키기 위해 우수 교원 채용, 교육과정의 개편 등을 실시하고 있다.
교육목표는 ① 한국인의 긍지를 갖고 스스로를 존중하며 자기를 높이는 사람, ② 자기자신의 가능성(소질)을 인식하고 배우고 익히는 사람, ③ 국제인으로서 인권을 존중하고 이문화(異文化)를 바르게 이해하며 더불어 살아갈 사람으로 현지사회와 조국에 능동적으로 이바지하는 국제인 육성 등이다. 이러한 교육목표를 달성하기 위하여 ①모든 것의 기초가 되는 체력을 기르자, ②타인을 배려할 수 있는 덕력(徳力)을 갖추자, ③스스로 제대로 생각할 수 있는 지력(智力)을 높이자, ④사회와 연결되는 기술력을 갖추자, ⑤커뮤니케이션 능력을 배양하자를 실천 방안으로 정하고, 3년 이수단위의 30% 시간을 할애하여, 재일한국인사, 한국어, 한국무용 등 민족교육과 민족문화 교육을 실시하고 있으며, 교육의 충실을 위해 한국정부 소속 한국어 교사와 역사 담당 교사를 파견 · 영입하여 한국인 정체성 교육에 전념하고 있다.
교육과정은 한국인 정체성 함양 교육과정과 일본 교육과정으로 나누어지며, 한국인 정체성 교육과정에서는 한국어와 재일한국인 역사, 한국무용, 태권도 등을 가르치고, 일반교과에서는 일본의 교육과정을 준하여 가르치고 있다.
한편 이 학교는 특별활동 시간을 과내와 과외로 나누어 실시하였다. 과내는 필수로 하고 있는데, 고등학교 1학년 여학생의 경우에는 ‘민족무용’을 가르쳐서 각종 행사 때 모국의 춤을 선보이고 있다. 특히 재일한국학교 중 유일하게 중학교에서부터 모국수학여행을 실시하여, 모국을 직접 접하고 배울 수 있는 기회를 제공하고 있다.
중 · 고등학교는 각각 3년제이며, 2017년 현재 중학교 3학급에 29명, 고등학교 6학급에 130명이 재학하고 있다. 2017년 현재 교원은 교장과 중 · 고등학교 교감 각각 1명을 비롯해 총 40명이다. 졸업생 현황은 2016년도를 기준으로 중학교가 69회에 1,711명, 고등학교가 52회에 1,064명을 배출하였다.
학교시설로는 본관과 2층의 체육관(강당 겸용), 도서실 · 소강당 · 식당 · 기숙사 · 방송실 · 테니스장 · 우천시야구연습장 등의 시설을 갖추고 있다. 2013년 일본 정부로부터 중학교 및 고등학교가 정규학교로 인가된 이후, 졸업생들이 한국의 10위권 상위 대학과 동지사대를 비롯한 관서 명문교를 포함한 일본 대학에 90퍼센트 이상 진학하고 있다.
2000년 초 학생 정원 충족을 목적으로 창단한 야구부는 근년에 들어 교토부 베스트 4를 유지하면서 졸업생들이 한국과 일본의 프로야구에 입단하는 성과를 거두고 있다.
교토한국학교는 오사카[大阪] 건국유소중고등학교 및 금강학원소중고등학교와 같이 한국인 자녀들의 한국인 정체성 함양 교육 즉, 민족교육을 위해 설립된 학교로서, 조총련 계열의 학교와 차별화된 교육을 제공하면서 한국 교육의 우수성을 선양하고 있다.
특히 한국사, 한국어, 문화 교육 등을 교육과정에 포함시켜 민족의식 함양에 큰 기여를 하고 있다. 그러나 각종학교로 운영되던 시기에 일부 사립학교를 제외한 국공립대학에 진학할 수 없었으나 2003년 일본 정부 정규학교로 인가 받은 이후 한국의 유명대학과 일본 관서 지역 명문교를 중심으로 진학하고, 부활동의 좋은 성과로 한국과 일본의 명문 구단에 입단 스카웃이 되면서 학교의 평판이 좋아지고 있다.
2014년 이후 한국과 일본 정부의 재정지원이 확대 되면서 부채 없는 건실한 사학중 하나로 인정받고 있다. 아울러, 한때 무시되고 배제되었던 일본사회에서 보란 듯이 재일동포 자녀들의 일본 사회 내 적응을 위한 교육 강화에 부응하는 교육을 이루어 나가고 있다.