이 진은 본영인 전라좌수영보다 9년이 늦은 1488년(성종 19)에 돌산포 만호(萬戶)로 설치될 때에 축성된 진(鎭)으로 주위 2,313척, 높이 13척의 석성이다. 1522년(중종 17)에는 여수 석보(石堡)의 소임을 다하였다.
1523년에 돌산에 방답첨사(防踏僉使)가 설치될 때 만호를 고쳐 권관(權管)을 두어 순천전영진군(順天前營鎭軍)이 이 진을 지켰으며, 임진왜란 전에는 별장을 두어 전라좌수영의 소속이 되었다. 용주리를 고돌산진이라 하였으므로 이를 약칭하여 고진(古鎭)이라 부르게 되었다. 수군이 있었던 항구는 오랜 토사의 퇴적으로 얕아져서 작은 어선만 닿을 수 있을 정도이다.