군 복무자의 질병 예방 및 계몽·교육·건강관리에 관한 직무를 수행한다. 병자와 전상자를 치료하며, 특수 질병을 연구하고, 의학정보를 수집하기도 한다. 대체로 일반 종합병원의 경우와 비슷한 전문 진료 업무에 종사한다.
의사의 자격을 가진 징집 대상자를 군의학교에 수용하여 군사학을 비롯해 소정의 교육을 이수케 한 뒤 중위나 대위로 임관시켜, 일반 부대나 군병원에 배치한다. ≪고려사≫ 권81의 병제(兵制)에는 “1146년(인종 24)에 각군(各軍) 군후(軍侯)가 약원(藥員) 5인을 사용하였다.”고 적혀 있다.
약원들은 병제 가운데 의무(醫務)를 담당한 듯한데, 당시 병제에 의무를 담당한 독립기관이 있었는지 혹은 각 군이 전시(戰時)에 수시로 약원들을 보충했는지는 알려져 있지 않다. 조선시대에는 의원들이 군직(軍職)의 봉록을 받으면서 병조에 근무하였다.
1894년에는 군무아문(軍務衙門)에 의무국을 두어 육해군부의 의무 및 약제(藥劑) 등 사무를 관장하게 하였다. 의무국은 제1과·제2과로 나뉘어 각기 의무를 분담하였는데, 뒤에 위생과로 개칭하였다. 군의관들은 처음에 군의보(軍醫補)로 시작하여 차차 3등·2등 및 1등 군의로 승진하였다.
광복 후에는 1946년 5월 남조선국방경비대 총사령부 안에 최초로 현대식 의무국이 창설되었다. 의무국은 1947년 5월에는 의무처로 개칭하였으며, 1947년 12월에는 조선경비사관학교가 민간의사를 모집하여 제1기 군의관 후보생 14인을 입교시켜 다음해 1월 1일 졸업, 임관시켰다.
광복 후 대한민국 정부는 국방부에 군의관의 사령부격인 의무감실을 설치하였고, 1964년 군의관을 베트남에 최초로 파견하였다. 1965년에는 의무보급대를, 1966년에는 이동외과병원을 파월하여 백마부대를 지원하였다. 1968년 7월에는 <정부조직법> 개정으로 국방부 의무국을 정식 발족하였다.
1970년대에 들어서는 3군의 군병원이 국방부에 속하게 되었다. 1999년 현재 4년제 정규 의과대학 및 치과대학을 졸업한 의무 군복무 대상자가 군에 입대하면 소정의 훈련을 거쳐 자동으로 군의관으로 임관된다.
복무기간은 3년이고, 임금 및 대우는 군의 일반적 대우 체계에 따른다. 군의관으로 장기 복무를 지원하면 군에서 수련의 과정을 거치게 되며, 이 경우 복무기간은 최소한 10년 이상이다.
군에서 한의사를 필요로 할 때는 군이 수시로 고시하는 시험에 응시해 합격한 사람들을 ‘의무장교’로 임관시키며, 군의관과는 별개의 신분인 ‘한의침구사’로서 복무하게 한다. 군의관은 의무 복무 뒤에는 거의 다 제대하며, 장기 복무를 지원하는 경우는 거의 없다.