1750년(영조 26) 균역법을 시행하면서 군포 징수 감소에 따른 부족한 재원을 군포로 징수하던 각 관청에 보충해 주기 위하여 어염선세, 은여결세, 결전 등에서 재원을 마련하고 이를 각 관청에 지급할 목적으로 1751년(영조 27)에 설치한 관청이다.
1750년 7월, 균역법 시행을 위한 논의가 진행되는 과정에서 영조는 7월 9일, 균역법의 실시를 확정하면서 양역의 납부 기준을 1필로 균일화하였다. 이에 따라 부족한 재원을 마련하고 각 관청에 지급하기 위한 급대 재원을 운영할 기구가 필요하게 되었다. 급대(給代)란 1필로 납부 기준이 확정되자 2필 혹은 3필을 징수하던 관청에서 재정의 손실이 발생하여 부족해진 재정을 보충해 주는 것을 말한다. 급대를 총괄하기 위한 관청으로 임시 기구인 균역절목청(均役節目廳)을 전의감(典醫監)에 설치하였다. 이를 담당할 최고 관원으로 균역구관당상(均役句管堂上) 6인을 임명하고 실무 책임자에 해당하는 낭청(郎廳) 4인을 두어 급대 재원을 마련하기 위한 방책을 강구하였다. 1751년(영조 27) 1월, 균역 사목 초안을 작성하였으나 문제가 많자 결국 홍계희가 제안한 결전(結錢) 징수로 균역법 내용을 확정하였다. 수어사가 남한산성으로 나가면서 비게 된 옛 수어청(守禦廳)이 균역절목청의 새 관사가 되었으며 관청의 명칭도 '균역청'으로 정해지면서 정식 관청으로 발족하였다.
균역청 관원 중 도제조(都提調) 3인은 3정승이 겸직하며, 제조(提調)는 3인으로 그 중 하나는 호조판서가 겸직이다. 낭청은 3인의 실직무신(實職務臣)으로 그 중 1인은 비변사낭청이 겸임하였다. 이외에도 서리(書吏)와 사역인(使役人)을 몇 명 두었다. 균역청은 감필에 따른 세원을 징수하고 각 관청에 급대 재원을 지급하는 역할을 맡았다. 균역청에서 거두는 세원으로는 결전(結錢), 이획(移劃), 어염선세(魚鹽船稅), 면세결(免稅結), 군관포(軍官布) 등이 있다. 또한 각 지방의 넉넉한 재원을 모아 불시의 지출에 대비하기 위한 회록(會錄)이 있어서 환곡의 형태로 운영되었다. 영조 년간 균역청의 1년 수입은 동전으로 환산하여 약 69만 냥에 이르렀다. 균역청에서 확보한 재원 수입은은 각 관청에 급대의 방식으로 지출되었는데 지급 방식에 따라서 두 종류로 나누어졌다. 균역청에서 거두어서 지급하는 경청차하[京廳上下]와 징수처에서 수요처에 직접 지급해 주는 외방직획(外方直劃)이 있었다. 이렇게 지급된 급대 재원은 무명 450동(同), 동전 30여만 냥, 쌀 4만 1천여 석이었다.
균역법 시행에 따른 재정 업무를 담당하는 관청으로 설립되어 조선 정부의 주된 재무 기관으로 성장하였다. 선혜청 및 호조와 더불어 정부에서 필요로 하는 재원을 지급해 주는 관청이 되었고 재정 규모도 상당하였다. 균역법 실시 당시 급대 재원을 지급한 이래 1756년(영조 32) 노비의 신공을 감축한 비용에 대한 급대를 비롯하여 『만기요람(萬機要覽)』에 따르면 1807년(순조 7)까지 모두 16차례의 급대를 균역청에서 실시하였다. 균역청은 국가가 필요로 하는 주요 재정 기관의 역할을 담당한 셈이다.