본관은 함창(咸昌). 자는 은규(殷圭), 호는 기암(起菴). 아버지는 김진비(金鎭泌)이며, 어머니는 안동권씨(安東權氏)로 권방도(權昉度)의 딸이다. 외삼촌 권재정(權載珽)을 사사하였다.
1883년(고종 20) 도내 유생들이 정경세(鄭經世)의 문묘배향을 주장하여 소를 올릴 때 소두(疏頭)가 되었다. 1895년 민비가 시해되자 영주지방의 의병대장으로 활약하였다.
김우창은 역사에 특별한 관심을 가지고 『기사(箕史)』 22책을 편찬하였는데, 이 책은 단군조선 및 기자조선으로부터 조선 인조에 이르기까지의 선원보(璿源譜)인 「기사국조통기(箕史國朝統紀)」와, 우리나라 각 성의 내력과 시조들의 간략한 전기인 「기사성씨운휘(箕史姓氏韻彙)」, 부록인 「팔역지(八域誌)」로 구성되어 있으며, 그 사료적 가치가 크다. 그 밖의 저술로는 『예설간요(禮說簡要)』와 『기암문집(起菴文集)』 3권 등이 있다.