내무부(內務府)와 이조의 소관 업무를 통합, 계승했던 내무아문(內務衙門)의 이름을 바꾼 것이다. 1895년 4월에 설치되어 1910년 국권을 상실할 때까지 존속하였다.
관원으로는 대신 1명, 협판 1명, 국장 5명, 참서관(參書官) 8명, 시찰관(視察官)·기사·기수(技手) 각 4명, 주사 40명을 정원으로 하였다. 1등국인 주현국(州縣局), 2등국인 토목국·판적국(版籍局), 3등국인 위생국·회계국이 있었다.
내부대신은 칙임관(勅任官)으로 지방행정·경찰·감옥·토목·위생·지리·출판·호적·구휼 등에 관한 사무를 총괄, 지휘하고 지방관·경무사(警務使)를 감독하였다.
내부협판은 칙임관으로 대신을 보좌하여 내부의 사무를 정리하고 각국의 사무를 감독하였다. 주현국장은 칙임관이나 주임관(奏任官)이었으며, 그 밖의 4개국의 장은 주임관이었다. 주현국은 지방행정·진휼 구제·공립영조물(公立營造物)에 관한 업무를, 토목국은 내부 관할의 토목공사·토지측량·토지수용 등에 관한 업무를 맡았다.
판적국은 호적·지적 관리(地籍管理), 무세관 유지(無稅官有地) 처분 및 관리, 관유지 명목 변경 등에 관한 업무를, 위생국은 전염병·지방병 예방 및 검역·의무·약무, 기타 공중위생·의사·약제사·의약품 등에 관한 업무를, 회계국은 내부 소관 경비 및 예산·결산 집행 등에 관한 출납·회계업무 등을 담당하였다.
참서관·시찰관·기사는 모두 주임관이었다. 시찰관은 지방제도 개정에 필요한 일을 조사했으며, 때로는 임시 명령에 따라 지방행정을 순시하기도 하였다. 광제원·혜민원·경무청도 내부 소속이었다.