본관은 남평(南平). 자는 자신(子信), 호는 설계(雪溪). 문유지(文有智)의 증손으로, 할아버지는 문옹(文滃)이고, 아버지는 사도정(司䆃正) 문익성(文益成)이다. 정인홍(鄭仁弘)의 문인이다.
1589년(선조 22) 증광 문과에 병과로 급제하였다.1592년 승문원정자(承文院正字)가 되고, 그 해 임진왜란이 일어나자 임금을 의주까지 호종(扈從)하였다.
이듬해 곽재우(郭再祐)와 함께 왜적을 치는 데 크게 공을 세웠다. 1600년 헌납·교리를 거쳐 성균관직강(成均館直講)이 되고, 이듬해 외직인 창원판관(昌原判官)으로 나갔다가 1602년 장령(掌令)이 되었다. 1603년 집의(執義)가 되어 스승인 정인홍을 모함한 이귀(李貴)를 탄핵하다가 뜻을 이루지 못하였다.
고향인 영남으로 돌아갔다가 곧 상의원정(尙衣院正)으로 복직, 이어서 필선(弼善)이 되었다. 1604년 사섬시부정(司贍寺副正)을 거쳐, 통례원찬의(通禮院贊儀)가 되었다. 그 뒤 종묘서영(宗廟署令)을 지내고, 이어서 사간을 역임하였다. 사간 직임을 잘 수행하여 『대학』 한 부를 하사받았다.