본관은 남평(南平). 자는 순해(舜諧) 또는 순서(舜瑞), 호는 휴헌(休軒). 아버지는 현령 문위세(文緯世)이며, 큰아버지인 첨지중추부사 문위지(文緯地)에게 출계하였다.
임진왜란이 일어나자, 생부인 문위세와 함께 호남에서 의병을 일으켜 용담(龍潭)에서 방어진을 구축하고, 치열한 항전을 벌였다. 무수한 전투를 벌여 세 번이나 크게 적을 물리쳤다. 그 공으로 선전관(宣傳官)에 특배되고 곧 군자감(軍資監)에 승직되었다.
1597년(선조 30) 정유재란 때 적의 첩자인 요시라[要時羅]의 꾐에 빠진 도원수 권율(權慄)의 무모한 독전으로 우리 수군이 참패하자, 10척의 배를 거느리고 새로 통제사가 된 이순신(李舜臣)의 막하로 달려가서 명량해전에 참가하여 큰 공을 세웠다. 임진왜란이 끝난 뒤 직장(直長)이 되고, 선무원종공신(宣武原從功臣)에 책록되었다.