본관은 분성(盆城). 자는 문길(門吉). 아버지는 배세원(裵世元)이고, 처부는 조간세(曺幹世)와 이숙기(李淑氣)이다.
1592년(선조 25) 임진왜란 때 부산진첨절제사(釜山鎭僉節制使) 등 변방의 무관직을 거친 뒤 유격장(遊擊將)이 되어 여러 곳에서 전공을 세웠다. 그러나 패주를 거듭하는 영남지방의 전황 속에 순찰사 권율(權慄)이 도망다니는 장수라는 잘못 판단된 보고를 하였기 때문에 파직되었다.
그 뒤 스스로 잘못 보고한 오명을 씻고자 종군을 원한 끝에 전라좌수사 이순신(李舜臣) 휘하에 들어가게 되었다. 1594년(선조 27) 6월 당항포해전(唐項浦海戰)에서 좌별도장(左別都將)으로 참전하여 크게 전공을 세웠고, 뒤에 조방장(助防將)이 되었다.