대한불교조계종 제6교구 본사인 마곡사의 말사이다. 신라 말 도선(道詵)이 창건하였고, 1150년(의종 4) 보조국사(普照國師)가 중창하여 절 이름을 석가암(釋迦庵) 또는 석암(石庵)이라고 불렀다고 한다. 그 뒤 1584년(선조 17) 3월 거사 화암(華巖)이 중수하여 봉서암(鳳棲庵)이라 하였고, 1794년(정조 18) 경헌(敬軒)과 각준(覺俊)이 대웅전을 증수하고 봉곡사라 하였으며, 동시에 요사도 중건하였다.
1825년(순조 25) 봄 요사를 중수하는 한편 2층 누각을 신축하였고, 1872년(고종 9) 서봉(瑞峰)이 요사채의 후방(後房) 10여 칸을 증축하였으며, 1931년의 중수를 거쳐 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 3칸의 대웅전을 중심으로 서쪽에 향각전(香閣殿)이 있고 동쪽에 선실(禪室)이 있으며, 선실과 연결된 요사채가 있다. 요사채는 ㅁ자형 와가로서 매우 큰 건물이다. 문화유산으로는 사보(寺寶)로 소장되어 있는 『영가집(永嘉集)』 외에는 두드러진 것이 없다. 그러나 대웅전 안의 후불탱화는 그 유래가 특이하여 주목된다. 세로 75㎝, 가로 43㎝인 이 관음탱화(觀音幀畵)는 조선시대의 작품으로 원래 이 절에 봉안되어 있던 것이었는데, 1909년에 이 절에 있던 병든 승려가 약을 준 일본인에게 완쾌된 뒤 선물하여 일본으로 건너가게 되었다. 1958년 4월 5일 구원회(具沅會)가 일본에서 이 불화를 가져와 다시 봉안했는데, 그 유래가 불화갑(佛畫匣) 뚜껑에 쓰여 있다. 현재는 비구니가 머물고 있으며, 약수와 15m 높이의 향나무 및 주위에 울창한 송림 등이 유명하다.