1960년 8월 1일 『한국일보』의 자매지로 창간되었다. 자립경제의 당면과제를 뒷받침하고 규모 있는 가정살림의 지침이 되어 국민경제에 이바지하겠다는 목적으로 발행인 장기영(張基榮), 편집국장 김현제(金顯濟)의 진용으로 출발하였다. 종합경제지를 표방하여 건전한 경제상식을 면밀히 분석, 계몽하는 동시에 과학·연예·취미·스포츠 등의 다채로운 기사로 편집, 제작되어 독자들의 호응을 얻었다.
창간과 함께 1면에 「당백전(當百錢)」이라는 고정칼럼이 있었으나 10개월 만에 없어지고, 이후 8년 만에 「서경초(徐經抄)」라는 이름으로 부활되어 독자들의 여론과 견해를 파악할 수 있는 새 얼굴들을 등장시켰다. 사설은 창간과 더불어 얼마간 계속되다가 중단되었는데, 1969년 1월 21일 매주 24면에서 36면 발행으로 증면함에 따라 다시 2면에 계속되었다. 1면에 게재되던 경제해설은 경제계뿐만 아니라 일반 독자의 호평을 받았다.
1969년 증면과 함께 단평·확대경제교실·경영란·유통경제·지방란 및 가정과 생활란, 과학과 기술란, 재계의 이모저모, 물가와 증권시세, 소비자 가이드, 취미와 오락, 도시계획란 등을 신설·부활, 또는 보강함으로써 명실 공히 크게는 경제 전반에서 작게는 주부의 쇼핑에 이르기까지 다양한 체재와 내용으로 새롭게 꾸며졌다.
창간 이후 문화와 과학기사로 채워졌던 4면은 1961년 12월 1일자부터 전면 스포츠 뉴스만을 종합적으로 보도하다가, 1969년 9월 26일 자매지 『일간스포츠』의 창간으로 스포츠란이 없어졌으며, 이후 꾸준한 증면으로 문화란이 다시 부활되었다.
1975년 12월 3일자부터는 다시 새로운 감각과 기획으로 전체 지면을 재조정하였다. 특히 독자들의 실제생활과 직결되는 증권·부동산 및 기업정보의 확충을 주축으로 하여 4면 전면에 재계와 상공인 페이지를 신설하였으며, 부동산 정보란을 새로 넓혀 각종 속보에 주력하였다.
1976년 1월 13일부터 3월 31일까지는 ‘청소년기능사에 선반보내기운동’을 전개하여, 180대분, 모금액 3억 1,800만원과 현품 4대를 당시 문교부에 전달하였다.
여러 차례에 걸쳐 저명한 국내외 인사를 초청하여 경제강연회를 개최하는 한편, 창간 이래 경제논문을 모집하여 한국경제의 현실 파악에 힘썼으며, ‘살아 있는 경제학’을 제공하기 위해 연재 중이던 「경제교실(經濟敎室)」을 단행본으로 7권까지 발행하였다. 또한, 세계적 경영학자와 경영인들의 경영기법과 교훈을 요약, 보도한 「경영어록(經營語錄)」을 모아 단행본으로 2권을 발간하였다.
창간 이후 모체 신문인 『한국일보』가 개인회사 체제로 운영되어 왔으나, 1978년 1월 1일을 기해 주식회사 체제로 변경됨에 따라 자매지인 『서울경제신문』도 좀 더 근대적인 운영체제를 갖추게 되었다.
1980년 11월 15일 ‘한국신문협회의 건전언론 육성과 창달을 위한 결의’에 따라 11월 25일자로 종간되었다가 1988년 8월 다시 복간되었다.
1989년 2월 11일 독립법인으로 설립된 뒤, 더욱 경영에 박차를 가하여 1990년 3월 26일 월요일판 발행, 1991년 주 4회 20면 발행, 1995년 1월 주 5회 52면 발행을 단행하였다. 1998년 1월 21일부터는 전면 가로쓰기를 단행하였고, 제호도 『서울경제』로 변경하였다. 이때부터 지면혁신을 단행하여 취업면과 재테크면을 대폭 강화하였다.
1999년 6월 12일 지령 1만 호를 기록하였으며, 이를 맞아 7월에는 『서울경제』 일본어판을 발행하고, 이어 10월에는 미국 로스앤젤레스 타임스와 제휴를 맺어 『골프매거진』 한국어판을 발행하는 등 사세확장에도 박차를 가했다. 11월 1일부터는 주중 40면 합쇄체제로 증면하기도 하였다.
2000년 10월 1일 『한국일보』로부터 분리·독립하였고, 2007년 1월 27일에는 사옥을 종로구 중학동에서 중구 충무로로 이전하였으며, 5월 9일부터는 종합일간지로 등록하기도 하였다. 급변하는 미디어환경에 대응하는 차원에서 2007년 12월 26일 케이블TV(무협TV)를 인수하는 한편, 2008년 10월 10일에는 ‘서울경제TV’를 개국하기도 하였다.
다채로운 사업을 펼쳐왔고, ‘서울경제 광고대상’(2000년 10월 10일 제정·시행), 한국을 대표할 만한 기술을 보유한 이머징기업을 선정하여 시상하는 ‘대한민국 이머징우수기술상’(2002년 8월 30일), e-business 및 신기술 분야의 우수기업들을 선정하여 시상하는 ‘영프런티어 어워즈’(2002년 10월 30일), 참된 보험인을 발굴함으로써 보험산업 발전을 도모하기 위해 제정된 ‘서경 참보험인대상’, 우수하고 경쟁력 있는 국내 전자상거래분야의 기업에게 주어지는 ‘e-커머스 어워즈’(2003년 2월 4일) 등의 다양한 상을 마련하였다.