1894년(고종 31) 갑오경장으로 관제가 개혁될 때 궁중(宮中)과 부중(府中)을 구분하여 설치하기 위하여 의정부와 궁내부(宮內府)를 둘 때, 조선 초기부터 있었던 승정원을 개편하여 승선원으로 하고 궁내부에 소속되게 하였다.
관원으로는 도승선·좌승선·우승선·좌부승선·우부승선 각 1인, 기주·기사·향실금루주사(香室禁漏主事) 각 2인을 두었다. 그러나 종래의 승정원과 같이 커다란 정치적 세력을 가지지 못하였다.
1894년 9월 11일군국기무처(軍國機務處)에서 의정부에 소속시켜야 한다는 건의에 따라 의정부소속이 되었으나, 그 해 11월 23일 다시 승선원에서 거행하던 관계없는 정령은 모두 궁내부에서 판리(辦理)하도록 조처하였다. 1895년 4월 시종원비서감(侍從院秘書監)으로 축소, 개편되었다. 이때 승선원의 일을 기록한 『승선원일기』가 전한다.