1898년 11월 중추원의 관제가 개정, 공포되면서 새로이 50명의 의관(議官)을 임명할 때 황국협회(皇國協會) 측으로서 의관이 되었다. 그 뒤 반일단체인 보안회(輔安會)의 임원으로 활약하면서 일제의 침략적 행위에 항거하였다.
1904년 러일전쟁을 일으킨 일제는 전쟁 진행과 동시에 대한침략정책을 실천에 옮겼다. 일제는 내하(內河) 및 연해어업권, 철도부설권과 관리권, 통신기관 관리권, 산림벌채권, 광산개발권 등 한국에서의 각종 이권을 강탈·강점해 가고 여기에 13도 황무지개척권까지도 요구하고 나왔다.
이는 1904년 6월 6일 일본공사 하야시[林權助]가 대한식민지 경영을 위한 구체적인 방안으로 작성한 대한시설강령의 제6항과 대한시설세목(對韓施設細目) 제7항의 방안을 실천한다는 의도에서 한국 전 영토의 4분의 1이나 되는 전국 황무지에 대한 개척권을 일본인들에게 50년 동안 위임하라는 내용의 요구였다.
이와 같은 일제의 침략적 소행에 직면해 송수만(宋秀萬)·이기(李沂) 등과 함께 그 해 7월 15일 보안회를 조직해 배일민중운동을 전개하였다. 이 단체를 구심점으로 하여 종로에서는 연일 공개성토대회가 열렸고, 일제의 강압적 요구를 규탄하면서 맹렬한 반대시위를 벌였다.
일제가 그들의 요구를 관철시켜 많은 일본인들을 한국에 이주시키고, 한국을 식량·원료의 공급지화하려는 의도를 간파해 반대했던 것이다. 때문에 전국 각지에 통문을 띄우거나 정부 요로에 황무지개척권 요구를 반대할 것을 호소하였다. 또한 각국 공사에게도 서한을 보내는 등 국제여론에 호소해보기도 하였다.
이렇듯 보안회의 활동이 가열됨에 따라 일제는 헌병과 경찰을 동원, 보안회의소에 난입해 해산을 강요하고 많은 간부들을 납치해갔다. 이 때 반대시위에 앞장서서 구국민중운동을 지휘하던 원세성도 신기선(申箕善)·송인섭(宋寅燮)·송수만 등과 함께 납치되었다. 그러나 결국 일본공사는 황무지개척권 요구를 철회하였다.