1900년 9월 14일 ‘육군법원을 설치하는 건’에 관한 조칙을 발표해, 군대의 규율을 바로잡아 군인의 허물을 없애기 위해 원수부(元帥府)로 하여금 육군법원을 설치해 군인심판을 전담하도록 하였다.
이에 그 해 9월 18일 육군법원관제·육군감옥관관제, 1901년 2월 12일 육군법원처무규칙·육군감옥규칙·육군치죄규정, 1901년 3월 9일 육군치죄세칙·육군법원송무규정 등을 제정, 공포하여 육군법원의 직무를 수행하였다.
육군법원은 원수부 검사국 총장 관할하에 육군군인의 민사·형사를 심판하고 감옥을 관장하며 원장 1인, 이사 3인, 주사 5인을 두었으며, 특지(特旨)로 하부(下附)된 죄인을 심판하며 법원 안에 군법회의를 설치해 군인의 유형·역형(役刑) 이상의 죄를 심판하였다.
구체적으로는 육군법원은 지방군대의 심판안건, 군인으로서 외국인으로부터 피소된 형사사건, 투항포로의 범죄, 한성부내 군대의 군인간의 소송을 관장하며, 육군법원장은 군인의 민사사건과 유형·역형 15년 이하의 죄를 직접 관할하였다.
군법회의는 판사장·판사·육군법원장·이사·주사로 구성하며, 판사장과 판사는 영관급과 장관급으로 임명하였다. 지방의 각 군대의 심판사건은 육군법원에 상소할 수 있고, 육군법원장의 판결에 불복할 경우에는 원수부 검사국 총장에게 상소할 수 있으나, 군법회의를 거쳐 판결된 것은 상소할 수 없었다.
육군법원은 일제에 의한 군대해산의 결과 1907년 8월 26일에 폐지되었고, 그 해 9월 19일 주본(奏本)에 의하면, 종래 육군법원에 수감 중이던 기결수와 미결수를 평리원으로 보내어, 기결수는 보통감옥에 수감하고 미결수는 경시청유치장에 수감하여 군부 법무과로 하여금 심문하게 하였다.