본관은 전의(全義). 자는 중미(仲美), 호는 호은(壺隱). 이윤옥(李允沃)의 증손으로, 할아버지는 이인근(李仁根)이다. 아버지는 이기전(李基全)이고, 어머니는 여산 송씨(礪山宋氏)로 송후송(宋後松)의 딸이다.
1710년(숙종 36) 증광문과에 병과로 급제했다. 처음 벼슬로 보안찰방(保安察訪)에 제수되어서는 오로지 재물을 탐했다는 구실로 탄핵을 받았다. 이후 정언·헌납, 사헌부감찰을 거쳐 1724년에 장령에 제수되었다. 이 때 당시 청남(淸南)의 영수이던 심단(沈檀)을 논핵하다 도리어 장령 김유(金楺)의 탄핵을 받고 파직되었다.
이후 다시 기용되어 삼사(三司)를 두루 거쳐 1732년(영조 8) 장령에 제수되었으나, 국상(國喪)에 참여하지 않았다는 이유로 또다시 파직되었다. 이듬해 다시 장령에 복직되어서는 별시군(別侍軍)에게 물품을 불법으로 지나치게 징수한 남병사(南兵使) 이의풍(李義豊)의 파직을 주장하였다.
이듬해 상소하여 기근의 해결 방책으로서 전조(田租)와 신포(身布)를 줄일 것, 어사를 파견하여 먼 지방의 잔민들에게 윤음(綸音)을 내릴 것을 건의하고 아울러 수령(守令)의 불법성을 논죄하여 영조로부터 가납되었다. 이 해 다시 치국(治國)의 요령, 군덕(君德)의 면려를 골자로 하는 상소를 진달하였다.
전후 약 25년 동안 장령으로 있으면서 풍속의 순화와 시정의 득실을 논하는 상소를 수십 차례에 걸쳐 올릴 정도로 국가 기강의 확립과 민생의 안정에 노력하였다. 실제로도 이이제의 상소는 대부분 왕으로부터 받아들여졌다.
1746년에는 당상관인 통정대부에 오르고 장악원판결사에 제수되었으며, 곧이어 가선대부에 승진하여 이조참판에 제수되었다. 그리고 동지의금부사(同知義禁府事)와 오위도총부부총관(五衛都摠府副摠官)을 겸직하였다. 강직한 성품과 넓은 학문을 바탕으로 직언을 잘 했는데, 그 중에는 시폐(時弊)를 관통하는 것이 많았다.