1298년(충렬왕 24) 정월에 즉위한 충선왕이 이해 5월 대대적인 관제 개혁을 단행할 때 설치되었다. 자정원(資政院)은 목축에 관한 일을 맡아보던 관서였고,『고려사』백관지(百官志)에 의하면 사(使, 종1품), 동지원사(同知院事, 정2품), 첨원사(僉院事, 종2품), 동첨원사(同僉院事, 정3품), 판관(정5품), 계의관(計議官, 정7품), 계의참군(計議參軍, 종8품) 등으로 이루어져 있었다. 그러나 실제로 첨원사 이하의 관직은 임명 사례를 찾아볼 수 없다. 같은 해 7월의 관직 임명에서 부사(副使)의 존재가 보이는데, 그 품질이나 첨원사·동첨원사와의 관계는 분명하지 않았다. 또한 당시에 양부(兩府)라 하면 도첨의사사(都僉議使司)와 광정원(光政院)을 가리켰으며, 자정원에도 2품 이상의 고위관원이 있었지만 이들은 양부의 재추들로 구성되는 재추회의에 참석하지 못하였던 것으로 추측된다. 같은 해 8월에 충렬왕이 복위하고 12월에 관제를 복구하면서 자정원은 혁파되었다.
한편, 원나라에도 같은 이름의 관서가 존재하였지만, 이는 기황후(奇皇后)의 재부(財賦)를 관장하기 위한 관서였다. 이는 1340년(충혜왕 복위 1)에야 설치되었으므로 충선왕 때 고려에 설치된 것과는 전혀 관계가 없었다.