본관은 행주(幸州). 아버지는 기자오(奇子敖)이고, 고려 말의 권신 기철(奇轍)의 누이동생이며 북원(北元)소종(昭宗)의 어머니이다.
1333년(충숙왕 복위 2)에 원나라의 휘정원(徽政院)에 있던 고려 출신 환관 고용보(高龍普)의 추천으로 궁녀가 되어 순제의 총애를 받게 되자 정후인 다나시리[答納失里]로부터 학대를 받았다.
1335년에 다나시리의 일족이 축출되자 황후로 책봉하려는 움직임이 있었으나 바엔[伯顔] 등의 반대로 실현되지 못했다. 1339년 황자 아이유시리다라[愛猶識理達臘]를 낳았으며, 이듬해 2월에 바엔세력이 물러나게 되자 4월에 드디어 제2황후로 책봉되었다.
황후가 된 뒤 곧 반대세력을 몰아내고 휘정원을 자정원(資政院)으로 이름을 바꾸어 이를 배경으로 막대한 권력을 행사하였다. 이와 같이, 원나라에서의 세력이 비대해짐에 따라 고려에서도 일족인 기씨(奇氏)의 세력이 기반을 다졌다. 기황후의 오빠인 기철(奇轍) 등은 권세를 휘두르다가 1356년(공민왕 5) 공민왕의 반원개혁 때 주살되기도 하였다. 이에 불만을 품은 기황후는 공민왕을 폐위시키고 충숙왕의 동생 덕흥군(德興君)을 고려왕으로 옹립하기 위해 1364년(공민왕 13) 최유(崔濡)로 하여금 군사 1만으로 고려를 침공케 하였다. 하지만 최유의 군사는 고려의 최영(崔瑩) 장군에게 크게 패주함으로써 덕흥군 고려왕 옹립 계획은 무산되었다.
1365년에는 전례를 깨뜨리고 정후가 되었으나, 1368년 원나라가 멸망한 뒤에는 행적을 알 수 없게 되었다.