1894년(고종 31)에 1차 내정개혁의 일환으로 궁내부 · 종정부 · 종백부(宗伯府) 관제안이 상정되어 돈녕부와 의빈부를 통합하여 종정부로 설치하였다.
그러나 1895년 2차 내정개혁 과정에서 종정부 · 종백부는 폐지하고 소관업무를 궁내부의 각원에 이관시켜 왕실의 기구를 간소화시키며 권한을 축소하였다.
즉, 종정사(宗正司) · 종정원(宗正院)으로 개칭하여 종실의 어보(御譜)사무를 관장하도록 하고 장(長)과 주사를 두었다. 1905년에 다시 종부사(宗簿司)로 고쳤다가 1907년에는 폐지되었다. 관원으로는 경(卿) 1인, 주사 4인과 군(君) · 도정(都正) · 정(正) · 부정(副正) 등이 있었다.