1894년(고종 31)에 1차 내정개혁의 일환으로 궁내부·종정부·종백부(宗伯府) 관제안이 상정되어 돈녕부와 의빈부를 통합하여 종정부로 설치하였다.
그러나 1895년 2차 내정개혁 과정에서 종정부·종백부는 폐지하고 소관업무를 궁내부의 각원에 이관시켜 왕실의 기구를 간소화시키며 권한을 축소하였다.
즉, 종정사(宗正司)·종정원(宗正院)으로 개칭하여 종실의 어보(御譜)사무를 관장하도록 하고 장(長)과 주사를 두었다. 1905년에 다시 종부사(宗簿司)로 고쳤다가 1907년에는 폐지되었다. 관원으로는 경(卿) 1인, 주사 4인과 군(君)·도정(都正)·정(正)·부정(副正) 등이 있었다.