농업 · 농촌 및 농민에 관한 경제적 및 사회적인 제반문제를 학문적으로 연구하기 위한 목적으로 1957년 김준보(金俊輔) 등이 중심이 되어 설립하였다.
1958년에는 학회지 ≪농업경제연구≫를 창간하였다. 2000년에 "남북 관계 여건 변화에 따른 농업협력의 과제와 전망"을 주제로 학술회의를 개최하였고, 2003년에는 한·대만 공동학술대회를 개최하였고, 같은 해 학술지 ≪농업경제연구≫가 한국연구재단 등재 학술지로 선정되었다. 2005년에는 "FTA 추진확대와 한국농업의 대응"이라는 주제로 한·일 공동학술대회를 개최하였고, 2009년에는 한·일·대만 공동학술대회를 개최하였다.
2010년에는 "농생명과학기술의 현재와 미래"라는 주제로 한·일·대만 공동학술대회를 개최하였고, 2012년에는 "한·일 구제역 및 조류독감 현황과 대응 방안"이라는 주제로 일본 큐슈대학에서 한·일 공동 학술대회를 개최하였다. 2017년에는 농림수산식품교육문화정보원과 공동으로 한·일 공동심포지엄을 개최하였다. 2018년에는 "쌀 직불제 개편 어떻게 해야 하나?"를 주제로 정책토론회를 개최하였다.
2020년에는 "팬데믹 시대의 식량안보와 농촌의 역할"을 주제로 대한민국 균형발전 정책박람회를 개최하였다. 2025년에는 대만농촌경제학회와 공동으로 "농촌 인구 감소와 스마트농업"이라는 주제로 한·대만 농업경제학회 공동 심포지엄을 개최하였다.
매년 2회 정기학술발표회를 개최하고 있으며 학회지 ≪농업경제연구≫를 발간하고 있다. 본 학회는 21세기를 맞아 환경 · 자원 · 식품관련산업을 포함한 농업관련분야에 대한 현실문제의 해결능력을 더욱 높이는 데 연구를 집중하고 있다.