한국농촌경제연구원은 농림경제 및 농어촌사회 발전에 관한 종합적인 조사연구를 수행함으로써 국민경제 발전과 국민복지 증진에 이바지하기 위하여 설립된 정부 출연 연구기관이다. 1978년 4월 「한국농촌경제연구원육성법」에 의해 설립됐다. 1967년 9월에 만들어진 농촌진흥청 농업경영연구소가 모태이다. 1973년 농수산부 산하 국립농업경제연구소로 개편됐던 것을 발전적으로 해체해 설립됐다.
농업관련 연구단체로서는 국내 최대 규모이다. 원래 수산 연구에 관한 업무도 관리했으나 1997년 5월 한국해양수산개발원으로 넘겼다. 2005년 4월 부설 농촌정보문화센터를 설치했다. 1995년 9월에 농림기술관리센터를 설치했으나 2009년 9월 농림수산식품과학기술 육성법에 의거해 이를 농림수산식품기술기획평가원으로 별도 법인화했다. 2007년 10월에는 중국사무소를 설치하였으며, 2012년 5월 부설 농촌정보문화센터가 농림수산식품교육문화정보원으로 독립했다.
주요 기능은 중장기 농림경제계획 및 정책수단에 관한 조사 연구, 농림부문의 단기 정책에 관한 조사 연구, 농식품 정책에 관한 조사연구, 농촌 복지증진 및 사회문제에 관한 연구, 국제 농업협력에 관한 연구, 농업관측을 통한 품목별 수급동향 및 중장기 전망 연구, 농업정책의 국민 이해 증진을 위한 조사연구 및 대국민 여론조사 및 홍보, 국내외 연구기관과의 공동연구, 정부 및 국내외 공공기관, 민간단체 등으로부터의 연구 용역 수탁 등이다.
기구는 원장·감사·부원장 및 5부 5센터와 중국사무소 등이 있고, 지원부서로 행정실·기획조정실·창의정보실·청사이전추진단 등이 있다.
연구비의 약 70%는 정부출연금, 기타 30%는 연구용역 수입으로 충당하고 있다. 연구결과와 다양한 정보를 수요자들에게 효과적으로 전달하기 위해 1978년 개원 이래 3천 건에 가까운 연구보고서를 발간, 정부 각 기관, 입법부, 공익단체 및 언론기관에 무료로 배포되고 있으나 민간인에게는 유가로 배포하고 있다.
최근에는 세계 각국과의 FTA 체결 등 개방화가 추진되고 외국의 농산물 수입압력이 가중되면서 FTA 협상, 농산물의 국제교역 및 농업구조 개선에 관한 연구가 활발하다. 본래 서울특별시 동대문구 회기로 117-3에 있었으나, 2015년 전라남도 나주의 광주·전남공동혁신도시(전라남도 나주시 빛가람로 601)로 이전을 완료하고 업무를 수행하고 있다.