1964년 한독약사관(韓獨藥史館)이라는 명칭으로 주식회사 한독약품공업주식회사(현 한독)에서 설립하였다.
서양의학의 전래, 일제의 문화유산 수탈과 6·25전쟁 등으로 인한 많은 문화유산의 유실과 함께 급격히 사라져가는 전통의약학자료들을 수집, 보존하여 정리한다는 취지하에 김신권(金信權)의 구상으로 설립되었다.
그 뒤 1974년 독립건물을 신축하여 이전, 개관하면서 그 명칭도 ‘한독의약박물관’이라 개칭하였다. 1995년에 충청북도 음성군에 1,400평 규모의 전시실을 신축하여 이전, 개관하였다.
이곳에는 1978년 보물로 지정된 청자 상감‘상약국’명 음각운룡문 합을 비롯하여 허준이 편찬한 『언해태산집요(諺解胎産集要)』(보물, 1991년 지정) · 『찬도방론맥결집성(纂圖方論脈訣集成)』(보물, 1991년 지정)과 『의방유취(醫方類聚)』(보물, 1996년 지정) · 『향약제생집성방(響藥濟生集成方)』(보물, 1996년 지정) · 『구급간이방(救急簡易方)』(보물, 1996년 지정) 등 6점의 보물을 소장하고 있다.
그리고 의약기류 1,500여 점, 고의약학 서적 4,000여 권, 생약 표본 1,000여 점, 외국의 의약기 500여 점 등 약 7,000여 점의 자료를 소장, 전시하고 있다. 또한, 인삼포 · 빈용(頻用)한방포 · 약초온실 · 일반약포로 구분된 1,000여 평의 약초원에는 약 300종의 약초가 재배되고 있다.
서울대학교 의과대학, 대구시민회관 등지에서의 이동전시회를 비롯하여 고려대학교 · 경희대학교 · 한국방송공사 · 문화방송 · 국립대구박물관 개관특별전과 한국미술5천년전에 소장품을 출품, 전시하였으며, 종두법 실시 100주년기념강연회 및 지석영선생 유물전을 개최한 바 있다.
또한, 『일산김두종박사 기증문고목록』 · 『한국약업사』 · 『고의약기도록』 · 『사진으로 본 한독약품 30년』 등을 간행하여 의약학도들 뿐만 아니라 일반인들에게 우리 나라 의약의 발자취를 더듬어 볼 수 있는 교육장으로서의 구실과 아울러 고의약학 연구기관으로서도 많은 기여를 하고 있다.
인멸해가는 전통의약학 분야의 자료만을 중점적으로 수집하여 정리한 최초의 전문박물관이라는 점과 기업박물관의 효시로서 좋은 본보기가 되고 있다는 점에 큰 의의가 있다.