남부지방에서 발견된 신석기시대 유적 중 가장 오래된 동삼동패총에 1998년부터 정화공사를 시작하여 4년 여만인 2002년 한국 해양대 입구 유적지 현장에 동삼동패총전시관을 개관하여 패총에서 출토된 유물을 비롯하여 100여 점의 유물이 전시되어 있다.
우리나라 신석기시대의 대표적 문화유산인 동삼동패총(사적, 1981년 지정)과 여기에서 발굴된 유물을 국내외에 공개하고, 역사교육의 장으로 활용하기 위해 설립하였다.
지하 1층 지상 1층 규모에 전시공간은 263㎡에 불과하나 기장과 조 등 한반도에서 가장 오래된 재배곡물과 독무덤, 조개팔찌 등이 전시되어 있으며, 특히 일본 규슈(九州)지역의 신석기인들과 교류활동을 알려주는 죠몬(繩紋)토기 · 흑요석제 석기 등 100여 점이 전시되어있다.
‘신석기로의 초대’를 주제로 꾸며진 제1전시실에는 신석기 마을풍경, 낚시모습, 조개팔찌 만들던 모습 등이 발굴자료를 통한 고증을 거쳐 모형으로 전시하고, 제2전시실에는 흙으로 만든 곰토우가 처음 공개되고 뼈작살, 돌작살 등 어로도구들과 빗살무늬토기, 조개팔찌 등 각종 패총유물들로 구성하였다.
전시기능 뿐만 아니라 문화유적 탐방교실, 영도의 역사와 문화, 중등생 역사교실 등의 강좌와 조개가면, 장신구, 토기 만들기 등 이론학습과 많은 문화체험학습을 병행하여왔다.
패총전시관의 유물관리와 전시업무 및 역사교육의 장으로 운영할 인원은 학예연구사 1명, 시설과 사무관리자 2명 등 3명이 근무하고 있다.
3,739㎡ 부지에 연면적 483.96㎡의 지상 1층, 지하 1층 규모인 전시관은 제1전시실, 제2전시실 2개의 전시실을 갖추고 있다. 관람은 무료이며, 1월 1일과 매주 월요일을 제외하고는 항상 개방하여 시설을 운영하고 있다.
동삼동패총전시관은 유적의 중요도에 비해 규모 등에서 미흡한 부분이 많다. 하지만 신석기시대 관련 주제로 작은 전시회를 개최하는 한편, 각종 사회교육을 통해 신석기시대의 역사와 문화에 대한 이해도를 높이고 있다. 이는 자라나는 어린이들에게 박물관이 보다 더 친근한 문화공간으로 거듭날 수 있도록 하는 역할을 하고 있다.