1982년 5월, 백기완의 미발표 장시 「묏비나리」(1980)의 한 부분을 차용하여 소설가 황석영이 가사를 짓고, 전남대 출신으로 대학가요제에서 수상한 바 있는 김종률이 곡을 지었다. 이 노래는 1970년대 말부터 광주의 극회 광대에서 활동하던 문화운동 관련자들이 모여 지하방송 ‘자유광주의 소리’를 창설하기로 하고 첫 작품으로 만든 음악극 「넋풀이 굿(빛의 결혼식)」에 포함되어 있다. 「넋풀이 굿」은 1978년 광주에서 들불야학 교사로 활동하다 비운의 사고로 죽은 박기순 열사와 5·18민주화운동과정에서 산화한 윤상원 열사의 영혼결혼식을 그 내용으로 하고 있으며 「임을 위한 행진곡」은 고인이 된 두 남녀가 저승으로 가면서 ‘산 자’에게 남기는 마지막 노래로 배치되어 있다. ‘사랑도 명예도 이름도 남김없이’, ‘동지는 간 데 없고 깃발만 나부껴’ 등의 가사는 온 몸을 바쳤던 치열한 투쟁과 엄청난 죽음으로 귀결된 비극적 패배의 절망을 고스란히 담고 있으며, ‘앞서서 가나니 산 자여 따르라’는 이러한 비극적 죽음과 절망을 딛고 나아가는 비장한 의지와 용기, 결단을 잘 표현하고 있다. 이러한 가사 내용은 대중적이면서도 비장한 4/4박자 단조의 행진곡 음악과 조응한다.
음악극 「넋풀이 굿」은 가정용 카세트녹음기로 녹음되어 서울로 옮겨졌고, 여기에 수록된 「임을 위한 행진곡」은 서울과 광주에서 급격히 빠른 속도로 구전되며 전국으로 확산되었다.
1980년대 말부터 이 노래는 민주화운동 집회를 시작할 때 민주화운동의 열사들에게 바치는 묵념과 함께 불리는 노래가 될 정도로 한국 민주화운동을 대표하는 노래가 되었다. 김대중 정부 이후 5월 18일이 국가 기념일로 지정된 이후 이 노래는 기념식장에서 공식적으로 제창되었으나 2010년과 2013년 국가보훈처가 기념식에서 이 노래를 빼려다 유족들의 반대에 부딪치는 사건이 발생했고, 2013년 6월 국회에서 이 노래를 5·18 광주민주화운동의 공식 추모곡으로 지정하자는 결의안이 통과되었다.
제19대 대통령 문재인은 2017년 5월 12일 37주년 5·18 민주화운동 기념식에서 「임을 위한 행진곡」을 제창할 것을 국가보훈처에 지시하였다.
1970년대의 구호적 행진곡의 유행을 종식시키고, 비극성 등의 서정성을 풍부하게 담은 행진곡의 시대로의 이행을 확고히 했다. 이 작품이 보여준 비장한 단조 행진곡은 이후 민중가요의 가장 대표적인 양식으로 자리매김 되었다.