2005년에 멕시코 한인 이민 100주년을 맞아 유카탄(Yucatan)에 이민 온 한인 이민을 기념하기 위해서멕시코 유카탄주(州) 메리다(Merida)시에 설립하였다. 곧 한국 정부의 지원을 받아 이전에 대한국민회(大韓國民會) 메리다한인회관으로 사용되었던 유카탄한인회관의 구조를 변경하고 보수하여 메리다한국박물관으로 개관하였다. 2월 26일에 열린 한인 이민 100주년 기념행사 때 유카탄을 방문한 이광규 재외동포재단 이사장을 비롯하여, 마누엘 메리다 시장, 한국의 여야 국회의원, 조규형 주멕시코 한국대사 등이 참석하여 개관식을 열었다.
이 박물관에는 유카탄으로 이주해 온 한인과 관련된 사진을 포함하여, 여러 기록물, 이민 관련 서류, 책자 등이 전시되어 있다. 멕시코 한인 이민의 실상을 확인할 수 있는 박물관으로 알려져 있다.