재외동포재단이 2005년에 개최한 세계한인회장대회에서 중남미 여러 나라의 한인회장들이 모여 중남미 각국 한인회의 공동체 의식 강화와 함께 활발한 교류를 전개할 목적으로 설립하였다. 2007년에는 아르헨티나에서 제1차 중남미한인회총연합회 총회를 열었고, 2013년과 2014년에도 칠레에서 제2차와 제3차 총회를 개최하였다. 2015년에는 우루과이에서 총회가 개최될 예정이다. 임기 2년의 총연합회장은 현재 이재훈이 맡고 있으며, 연합회 아래에는 사무국을 두고 있다.
중남미한인회총연합회는 중남미의 여러 나라에 살고 있는 한인 2~3세가 결혼을 통해서 정체성을 유지하도록 하며, 특히 한인 네트워크를 적절히 활용하여 각 나라의 주류 계층으로 진출할 수 있도록 돕고 있다.