유서 깊은 남도문화예술을 계승하여 국악을 21세기 선도적인 공연예술로 발전시킴으로써 지역문화예술 관광자원화의 토대를 구축하고, 다양한 국악공연 및 국악연수ㆍ국악체험ㆍ국악연구 등 국악활성화를 통해 지역주민에게 전통예술을 체계적으로 보급하여 가장 한국적인 국민정서를 함양하고자 설립되었다.
1999년 9월 문화관광부에 의해 설립이 확정되어, 2000년 7월 건립기본계획이 수립되었다. 2001년 11월 27일 건물 공사에 착수하여, 2004년 3월 1일 국립남도국악원 건물이 준공되었다. 2003년 11월 문화관광부와 그 소속기관 국립남도국악원의 직제가 신설되어, 2004년 1월 1일 시행되었다. 2004년 2월 박영도 초대 원장이 취임하였고, 3월부터 개원준비기획단을 운영하여 2004년 7월 7일 정식으로 개원하였다. 2004년 8월 1일 전속 국악연주단이 창단되었고, 2009년 5월 제2대 원장으로 윤이근이 취임하였다.
국립남도국악원의 주요사업은 국악공연, 연수 및 체험, 국악연구 등으로 구성된다.
국악원 내에서 진행되는 공연으로는 금요상설공연과 청소년의 정서함양을 위한 목요국악무대, 각종 기획공연 등이 있고, ‘국악을 국민속으로’라는 기치 하에 지역문화예술회관ㆍ지방문화원ㆍ박물관 등의 문화시설과 전남지역 중고등학교에서 외부 공연을 펼치고 있다. 이와 함께 고아원ㆍ양로원ㆍ군부대ㆍ사회복지시설ㆍ농어촌지역 등 문화소외지역을 직접 찾아가 공연함으로써 국민들의 문화향수권 신장에 기여하고 있다. 또한 해외문화교류를 통해 국가이미지를 높이며 전통문화를 통한 문화외교를 강화하고자 다양한 해외공연을 추진하고 있는데, 2007년 이집트 카이로 「동방의 빛, 한국의 춤과 예술」 공연, 2008 폐루 「천년의 예술, 한국의 춤과 소리」 공연, 2009년 두바이 국제전시센터 「한국의 춤」 공연, 2010년 5월 말레이시아 국립극장 「한국의 음악 & 춤」 공연, 2010년 6월 슬로바키아 민속축전 「한국의 멋과 흥」 공연 등이 대표적이다.
국악연수 프로그램은 공무원 및 공공기관 문화예술 종사자를 대상으로 하는 ‘문화행정교육과정’과 유치원 및 초․중등교원의 국악에 대한 이해 증진과 실기능력 배양을 위해 개설된 ‘교원직무연수’, 국악교육의 활성화와 국악지도자의 예술적 소양 및 역량을 강화하기 위한 ‘음악전문인연수’, 그리고 국악에 관심 있는 청소년․일반인을 대상으로 하는 다양한 국악강좌 및 ‘국악문화학교’가 마련되어 있다.
국악체험 프로그램은 ‘주말문화체험’과 ‘청소년 국악체험’ 등이 있는데, 21세기 한국의 미래를 짊어지고 갈 청소년에게 선조의 숨결과 전통의 향기를 느낄 수 있는 기회를 제공함으로써 민족적 자긍심을 고취시키고 있다.
국악연구사업은 무속 및 불교 관련 ‘종교음악연구’, 지방소재 연희ㆍ풍물 등을 조사 발굴하여 체계적으로 정리하는 ‘민간공연문화연구’, 국악 관련 심도 높은 학술회의 주최, 다양한 연구서 및 국립남도국악원 연보 간행, 국악음반제작 등으로 구분된다. 학술회의로는 2009년 제6회 국립남도국악원 학술회의 「진도의 향토민요」, 2012년 제9회 「남도 굿의 보존과 전승방안」, 2013년 제10회 「굿음악 축제」 등이 개최되었다. 출간저서로는 「진도 단골 채정례 구술채록 연구-채정례의 삶과 예술」, 「진도 다시래기 명인 김귀봉 구술채록 연구-김귀봉의 삶과 예술」, 「쌍계사 음악기행」, 「선암사 음악기행」, 「진도만가」, 「남도 굿 예인의 삶과 예술」, 「진도의 농악과 북놀이」 등이 있다. 음반으로는 ‘진도무형문화예술시리즈’로 「진도의 혼」, 「채정례 진도씻김굿」, 「진도 강강술래」, 「진도 들노래」 등과 ‘신안무형문화예술시리즈’로 「유점자 신안씻김굿」, 「장산도 들노래」, 그리고 ‘남도음악복원시리즈’로 「진도강강술래」, ‘남도무형문화예술발굴시리즈’로 「영암민요」와 「화순의 향토민요」 등이 있다.
국악원장 아래 행정지원과, 장악과, 국악연주단으로 조직되어있다. 국악연주단은 기악단ㆍ성악단ㆍ무용단 3개 부문으로 구성되어있고, 예술감독은 심상남이다.
주요시설로는 600여석 규모의 국악전용극장 ‘진악당(珍樂堂)’과 1,200여명을 수용할 수 있는 계단식 원형 야외공연장 ‘달빛마당’, 140여명을 수용할 수 있는 교육연수용 숙박시설 ‘사랑채’, 그밖에 사무행정시설, 악단 연습실, 세미나실, 자료실 등을 갖추고 있다. 특히 2013년 2월 1일 개관한 지상 3층 규모의 ‘국악연수관’을 통해 국악교육을 위한 완벽한 제반시설을 확보하고 있다.
국립남도국악원은 국립국악원(서울)과 국립민속국악원(남원)에 이은 세 번째 국립국악원으로서 지역 전통문화의 특성이 비교적 잘 보존되어 있는 진도에 개원하여, 남도지역 전통음악예술의 산실로 자리매김해 나가며 국악의 생활화와 대중화에 크게 기여하고 있다.