동편제 판소리의 맥을 계승하며 지역 전통문화예술의 발굴ㆍ보전ㆍ육성 및 현대적 재창조를 통해 국악발전에 기여하고, 남원시민의 정서함양과 남원시의 문화예술 활성화에 이바지하고자 설립되었다.
남원시립국악단이라는 공식명칭으로서의 단체는 1995년에 출범했으나, 이 악단의 연원은 1921년까지 거슬러 올라간다. 1921년 이현순에 의해 남원권번(남원국악원 전신)이 창립되었고, 1945년 조광옥을 회장으로 하는 지역 국악동호회가 설립되었다. 1950년 국악동호회는 국악원(초대원장 김광식)으로 개칭되었고, 1966년 광한루원 내에 국악원 건물이 건립되었다. 이후 1979년 노암동 신축 건물로 이전하였다. 1983년 3월 남원시립국악원으로 승격하였으나, 1993년 남원시에 국립민속국악원이 개원함으로써 남원시립국악원은 폐지되었다. 그러다 1995년 1월 12일 남원 국악의 재도약을 위한 전문공연단체로서 남원시립국악단이 재창단되었다. 1997년 12월 30일 남원시국악연수원으로 개칭했다가, 2008년 1월 1일 다시 남원시립국악단으로 개칭했다.
주요활동으로는 국악 상설공연, 국악 연수반 운영, 한여름밤의 소리여행, 교실음악회, 초등학생 대상 판소리 방문특강, 읍면동 농악강습 지원, 민속악ㆍ창작음악ㆍ퓨전국악 공연, 축제지원공연, 창극 공연, 국악교육사업 등이 있다. 특히 남원시립국악단은 지역문화를 기반으로 한 창극 공연에 주력하고 있는데, 창극 「흥부전」ㆍ「춘향전」, 창무극 「춘향전」, 창작 창극 「만복사저포기」ㆍ「남원뎐」ㆍ「남원골이야기」ㆍ「춘향 네 개의 꿈」ㆍ「여류명창 이화중선」, 국악뮤지컬 「시집가는 날」ㆍ「달래 먹고 달달, 찔래 먹고 찔찔」, 퓨전창극 「소리꾼 청향」, 판소리 뮤지컬 「춘향 아씨」 등 다양한 국악종합극을 제작ㆍ공연하고 있다.
지역 내 주요공연으로는 남원 광한루원ㆍ국악의 성지 상설공연, 남원 춘향제 개막공연, 지리산권 영 · 호남 자치단체 체육대회 식전 공연, 남원 흥부제 축하공연, 사근산성 추모제 진혼굿과 제례 공연 등이 있다. 해외공연으로는 2001년 북한 평양봉화예술극장에서 창무극 「춘향전」 공연, 일본 가고시마현 도자기축제 초청공연, 2002년 일본 군마현 한일월드컵 성공기원 합동공연, 미국 애틀란타 한인회 초청공연, 중국 길림성 연길시 초청공연, 일본 오까야마현 초청공연, 2003년 필리핀한비문화재단 초청공연, 2004년 중국 조선족 자치주 연변가무단과 자매결연 초청 순회공연, 2005년 중국 연길ㆍ일본 가고시마ㆍ도쿄 순회공연, 2006년 중국 연변대학교 초청공연, 2007년 영국 5개 도시 순회공연, 2008년 중국 길림성ㆍ강소성ㆍ일본 가고시마현 초청공연, 2010년 이탈리아 베로나ㆍ밀라노 순회공연 등이 있다.
단장(1), 장악부(2), 기악부(13), 창악부(17), 무용부(7), 연수부(3)로 조직되어 있다. 2007년 3월 25일 지리산 자락에 위치한 국악의 성지(국악전시체험관ㆍ박물관ㆍ공연장)로 국악단사무실을 이전하였다. 현재 예술감독은 이난초, 작곡 및 지휘는 김선이 맡고 있다.
남원은 판소리 다섯마당 중 춘향가와 흥부가의 배경지가 될 만큼 예로부터 국악의 산실이었고, 오늘날 동편제 판소리를 정형화한 송흥록이 태어난 유서 깊은 문화도시이다. 남원시립국악단은 이러한 지역적 전통을 바탕으로 국악 본고장의 정체성을 확고히 하며 국악의 보존 및 발전에 힘쓰고 있다. 특히 다양하고 수준 높은 창극의 제작ㆍ공연을 활성화함으로써 전통예술의 문화상품화와 세계화에 기여하고자 노력하고 있다.