1990년 7월 14일 국회 본회의에서 「남북교류협력에 관한 법률안」이 의결되었고 다음 달인 8월 1일 정부가 「남북교류협력에 관한 법률」을 공포하고 8월 9일에는 시행령을 제정·공표했다. 이로써 그동안 「남북교류협력에 관한 기본지침」에 따라 행해지던 남북 간 인적왕래, 물자 반출·반입 등을 법률이 정하는 절차에 따라 체계적으로 규율할 수 있게 되었다.
「남북교류협력에 관한 법률」 제1조는 법의 제정 목적을 “군사분계선 이남지역과 그 이북지역 간의 상호 교류와 협력을 촉진하기 위하여 필요한 사항을 규정함으로써 한반도의 평화와 통일에 이바지하는 것”으로 규정하고 있다. 제3조에서는 다른 법률과의 관계에 대해 밝히고 있는데 “남한과 북한의 왕래·접촉·교역·협력사업 및 통신 역무(役務)의 제공 등 남한과 북한 간의 상호 교류와 협력을 목적으로 하는 행위에 관하여는 이 법률의 목적 범위에서 다른 법률에 우선하여 이 법을 적용한다”고 명시하고 있다. 또한 제4조에서는 남북교류·협력에 관한 정책을 협의·조정하고, 중요사항을 심의·의결하기 위하여 통일부에 남북교류협력추진협의회를 두도록 규정하고 있다.
남북교류협력법률은 남북 간에 이루어지는 교류협력의 내용을 ‘주민 간 접촉’, ‘남북한 방문’, ‘남북한 교역’, ‘수송장비 운행’, ‘협력사업’ 등으로 구분하고 이를 추진하는 데 필요한 절차를 규정하고 있다.
남북교류협력법률은 제반 교류협력 추진절차 등에 관한 규정 이외에도 남북교류협력에 대한 지원, 교역 및 협력 사업에 대한 조정명령, 무선 및 위성통신을 포함한 통신역무 제공, 교류협력 업무의 위탁, 전자 시스템을 이용한 교류협력 업무의 처리, 협력사업자에 대한 지도·감독, 규정위반 시 벌칙조항 등을 규정하고 있다.
남북교류·협력과 관련한 법률 제정의 필요성은 1988년 ‘민족자존과 평화번영을 위한 특별선언(7·7선언)’을 공표하면서부터 제기되었다. 이에 따라 1989년 2월 13일 정부가 「남북교류협력에 관한 특별법안」을 국회에 제출했으며, 정부안과 정당안이 절충된 「남북교류협력에 관한 법률안」이 마련되어 1990년 7월 14일 국회 본회의에서 통과되었다. 1990년 8월 1일 정부가 「남북교류협력에 관한 법률」을 공포했고, 8월 9일 「남북교류협력에 관한 법률 시행령」을 제정·공포했다. 1990년 11월 9일에는 「남북교류협력에 관한 법률 시행규칙」을 제정했으며, 1990년 8월 1일에는 「남북협력기금법」을 제정했다.
남북교류협력법률은 지금까지 16차례 개정되었다. 1994년 11월 8일과 1998년 4월 30일 1·2차 남북경협 활성화 조치가 취해지면서 남북교류협력과 관련한 규제와 절차가 간소화되는 방향으로 남북교류협력법이 개정되었고, 금강산관광과 개성공단사업이 추진되면서 그에 맞춰 규정이 보완되었다. 또한 남북교역이 증대하자 무관세교역에 관한 국제사회의 문제제기를 고려해 2005년 5월 31일 “남북 간의 거래를 민족내부 거래로 본다”는 내용을 남북교류협력법에 포함시켰다. 2010년 12월 현재 「남북교류협력에 관한 법률」은 30개 조와 부칙으로 구성되어 있다.
남북교류협력법은 북한을 적대관계의 일방으로 보던 기존의 시각에서 벗어나 교류와 협력의 당사자로 인정한 최초의 국내법이라는 데 의의를 갖고 있다.