한국장로교와 한국감리교가 중심이 되어 1908년에 설립된 일본 최초의 한인기독교단이다.
새로운 세대의 교회형성, 재일동포만이 아닌 일본인의 신생(新生) 지향, 세계선교의 사명을 목표로 설립되었다.
일제강점기 도쿄에 모인 한인유학생이 중심이 되어 1908년 도쿄교회를 설립했다. 1909년 10월에는 한국예수교장로회 소속의 한석진(韓錫晋) 목사가 일본으로 파송되어 도쿄에 거주하는 한국인 유학생을 중심으로 전도가 시작되었다. 1934년에는 ‘재일본조선기독대회’ 창립총회가 개최되어 독립된 교단을 형성하게 되었다.
일본 교회에 대해 전쟁의 승리를 바라는 마음을 한 곳에 모은다는 명분 아래 교단을 통폐합하는 종교단체법이 1939년에 성립됨에 따라 1940년에 ‘일본기독교회’에 흡수 합병되고, 이듬해 ‘일본기독교단’의 성립시에는 제1부에 편입되었다. 이때부터 1945년 해방을 맞이하게 될 때까지 재일조선기독교회라는 명칭은 없어지고, 일본이 태평양전쟁에 돌입하는 가운데 교회에 대한 탄압은 더욱 심해져서, 설교나 공식기록에 일본어 사용이 강요되었고, 재일한인교회에 속해 있는 목사들은 일본의 고등계형사들에 의해 탄압이 가해졌다.
해방 직후 탈퇴하고 1947년에 완전한 교회를 조직했다. 1954년 문화청으로부터 종교법인 인증을 받았고 1984년에 일본기독교단과, 1997년에는 일본기독교교회(日本キリスト教会)과 선교협약을 맺었다.
1999년 제45회 정기총회에서 「재일대한기독교회(在日大韓基督教会)」로 개칭하였고, 2008년 10월 13일 오사카여학원(大阪女学院) 교회에서 선교 100주년 기념대회를 열었다. 현재 다섯 개의 지방회 아래 약 100개의 교회 및 전도소를 통괄하고 있다.