2013년 7월 22일에 천연기념물로 지정되었다. 제주 흑우는 한우에 속하는 품종이지만 일반 한우와 달리 검은 모색을 가진 선사시대 이후 제주도에서만 사육되어 온 토종 생물자원이다.
일제시대 생축 반출이 이루어지고 1957년에는 외국종 육우가 도입되면서 교잡화가 진행되어 멸종위기에 처하였으나 1993년부터 영구적 보존 증식 위해 제주축산진흥원과 국립축산과학원에서 체계적인 혈통관리 및 사양관리를 하여 현재 증식이 이뤄지고 있다.
2002년 8월에는 국제연합식량농업기구(FAO)에 제주 흑우가 우리나라 한우 품종 4종 중 1개 품종으로 등록되었다. 제주특별자치도에서는 2006년에 「제주 흑우 보호 및 육성에 관한 조례」를 제정하면서 생축과 정액 및 수정란 등의 도외 반출을 제한하였다.
제주 흑우는 체구는 작으나 강건하며 지구력이 좋고 질병에 대한 적응력이 높다. 특히 진드기에 매우 강한 특징을 보여 방목·사양관리에 유리하다고 한다. 오랫동안 제주지역에서 사육된 것으로 알려진 제주 흑우는 『조선왕조실록(朝鮮王朝實錄)』, 『탐라순력도(耽羅巡歷圖)』, 『탐라기년(耽羅紀年)』 등 옛 문헌에 제향 및 진상품으로 공출된 기록이 있을 정도로 그 역사와 문화적 가치가 크다.