제주 흑우는 제주특별자치도에 있는 소목 소과의 재래종 흑우이다. 한우에 속하는 품종으로 일반 한우와 달리 전신 모색이 흑색이며, 내륙 지역의 한우와 달리 체구가 왜소하고 사지가 짧고 가는 편이지만, 체질이 강건하고 지구력이 좋으며, 질병 적응력이 높고 진드기에 매우 강한 특징을 보여 방목 사양관리에 유리하다.
몸 전체가 검은색을 띄는 소로 현재 우리나라에는 육지 흑우와 제주 흑우 두 가지 계통의 흑우가 존재하며, 가장 큰 차이는 모색으로 제주 흑우 모색은 전체적으로 흑색이다. 제주 흑우 체형의 특징으로, 뿔은 보통 크기로 상향각이 주를 이루고 나이가 들면서 일자각에서 나중에는 하향각이 되며, 체장은 짧고 이마는 넓으며 내한성은 강하나 내서성은 약하다.
제주 흑우 고기는 과거에 임금님 진상품으로 고기의 육질과 등심 내 근내지방 침착[마블링]이 우수하고, 지방 침착 형태가 가늘고 섬세하여 조직감이 우수하고 부드러우며 향미가 좋다고 알려져 있다.
흑우 고기 내의 불포화지방산을 분석한 결과에 따르면 포화지방산은 한우보다 수치가 낮고, 고기 맛에 관여하는 불포화지방산 중에서 올레인산과 리놀렌산은 제주 흑우가 다소 높게 나타나고 있다.
제주 흑우 사육에 관한 역사적 근거는 고구려 안악 3호분 벽화의 흑우 모습과 『세종실록(世宗實錄)』에 제주 흑우는 고기 맛이 우수하여 고려시대 이후 삼명일[임금님 생신날, 동지, 정월 초하루]에 진상품으로 공출하였다는 기록이 있다.
이외에도 『조선왕조실록』 및 여러 고문헌에 제주도 흑우에 관한 기록이 자주 등장하였고, 1702년(숙종 28) 제주목사(濟州牧使) 이형상(李衡祥)이 도내 지역을 순회하면서 제작한 「탐라순력도(耽羅巡歷圖)」에 제주 흑우 763마리가 사육되는 기록이 있다.
1918년 김석익이 저술한 『탐라기년(耽羅紀年)』에도 1750년(영조 26) 가파도에 흑우장을 설치하고 50마리를 방목하여 진상에 대비하였다는 기록에서 보듯이 흑우 사육은 국가적으로 엄격하게 관리되었다.
1964년 동아대학교 김환경교수가 제주 지역 한우 실태를 조사한 결과 흑색 한우의 비율이 19.3%라는 기록이 있는 것으로 보아 당시 제주지역에는 1만여 마리의 흑우가 사육되었던 것으로 추정된다. 특히, 제주대학교에서 제주시 애월읍 고내 유적지[서기전 700800], 곽지 유적지[서기전 0900]에서 발굴된 유골을 분자생물학적 기법으로 분석한 결과를 토대로 “제주 흑우가 서기전부터 사육되었다.”라는 내용이 2005년 생명과학분야 학술지에 발표되어 제주 흑우의 오랜 역사가 학술적으로 입증된 바 있다.
1981년 난지축산시험장에서 원종 보존 차원에서 제주시 애월읍 소재 축산 농가에서 사육 중인 흑우[종모우]를 구입, 정액을 채취하여 동결 보존을 시작한 것이 제주 흑우 증식 사업의 시발점이다. 이후 제주특별자치도 축산진흥원에서 1992~1993년 도 전역을 조사하여 제주 흑우 암소 총 15마리를 수집, 사육을 시작하여 인공수정 등 제주 흑우 증식 사업의 첫발을 내딛게 되었다.
제주 흑우를 보호 · 육성하기 위한 제주특별자치도특별법 및 조례 등을 제정하여 제도적으로 제주 흑우 보호 · 육성 체계를 구축하였고, 2004년 유엔 산하 국제식량농업기구[FAO]에 한국 한우 품종 4종[한우, 제주 흑우, 흑우, 칡소] 중 1개 품종으로 제주 흑우가 등재되어 제주 흑우를 전 세계적으로 알리는 쾌거를 이룩하였다. 2008년 3월 제주 흑우에 대한 기준을 별도 설정하여 국가 단위 등록 관리 체계를 구축하였고, 2013년 7월에 천연기념물로 지정되어 보존 · 관리되고 있다.