한국신학연구소가 설립 당시 설정한 목적은 세 가지였다. 첫째, 제3세계 신학을 비롯한 세계 신학계의 신학적 성과를 한국의 상황에서 재조명함과 아울러 세계의 신학 동향과 호흡을 같이 하는 데 이바지하는 일, 둘째, 우리의 자주적인 신학적 사고와 표현을 위해 노력하며 이를 통해 세계 교회와 대화를 나눔과 동시에 주체적인 한국신학을 정립하는 기틀을 마련하는 일, 셋째, 한국 사회의 정치, 경제, 이데올로기 구조에 대한 연구, 특히 민족의 지상 과제인 통일을 전망하는 신학적 연구를 중심 과제로 삼는 일이었다.
한국신학연구소는 1969년 한국에서 신학과 교회를 위한 연구소의 필요성에 따라 안병무 박사가 독일교회의 지원을 받아 설립하여 1973년 2월에 공식적으로 출범하였다. 이는 선교사를 파송하는 것보다는 신학적으로 지원해주길 바란다는 안병무 박사의 요청이 수용된 결과였다. 이후 한국신학연구소는 설립목적을 시대적 흐름에 맞게 확대하여 중심적 사업의 변화를 보여주고 있다. 확대된 설립목적은 신앙과 생활을 조화시키는 새로운 ‘기독교 공동체 문화’의 계발을 위한 연구 및 훈련, 범 교단적인 목회자 및 평신도의 신앙훈련 및 교육, 한국 기독교와 한국 사회의 발전에 이바지하는 신학 연구, 종교다원사회에서 종교간 협력에 이바지하는 연구 및 선교, 종교 및 신학사상의 국제 교류를 통해 기독교의 발전에 이바지하는 연구 교류를 수행하는 것이었다.
현재 한국신학연구소는 1995년 12월 완공된 영성과 평화의 집을 기반으로 재단의 명칭을 아우내재단으로 하고 기존의 한국신학연구소를 포함하여 미래문화연구원, 한국디아코니아공동체, 한국디아코니아자매회 등을 두고 활동하고 있다.
한국신학연구소는 기독교신학 전문잡지인 『신학사상』을 창간하여 신학적 토론의 무대를 마련하였고, 세계적 주석서를 엄선하여 『국제성서주석』을 편찬하였고, 총 300여 종에 달하는 단행본을 출판하였다. 그 결과 한국신학연구소는 민중 신학을 한국을 대표하는 신학으로 발전시켜 민주화를 위한 이론적 토대를 제공하는 등 한국교회의 신학 형성에 매우 중요한 역할을 해오고 있다고 평가할 수 있다.