창주서원은 1608년(선조 41)에 사액을 받은 표충사(表忠祠)에서 출발한다. 표충사는 이곳 출신으로 임진왜란 때 의병장으로 활약하다 금산 전투에서 순절한 조헌(趙憲, 1544∼1592)의 충절을 기리기 위해 세워졌다. 1682년(숙종 8)에 창주서원으로 재사액을 받고 김집(金集, 1574∼1656) · 송시열(宋時烈, 1607∼1689) · 송준길(宋浚吉, 1606∼1672) · 곽은(郭垠)을 추가로 배향하였다. 지금은 묘정비(廟庭碑)만 남아 있다.
처음에는 표충사로 안내면 도리리에 창건되었다. 1624년(인조 24)에 이원면 원동리에 재건되었다. 1657년(효종 8)에 현재의 위치로 이건되었고, 1682년에 창주서원으로 개칭되었다. 1710년(숙종 36)에 별사를 건립하여 곽은을 추가로 봉향하였다. 1864년(고종 1)에 흥선대원군의 서원 철폐령으로 훼철되었다.
조헌은 본관이 배천(白川)이고 자는 여식(汝式)이며 호는 중봉(重峯) · 도원(陶原) · 후율(後栗)이다. 이이(李珥, 1536∼1584) · 성혼(成渾, 1535∼1598)의 문인이다. 현재 남아있는 창주서원 묘정비는 1689년(숙종 15)에 만들어졌으나 1697년(숙종 23)에 청나라 황제의 사액(賜額)을 받게 되자 그간의 내력을 추기(追記)하여 이 비를 세우게 되었다. 송시열이 짓고 김수증(金壽增, 1624∼1701)이 썼는데, 추기한 사람은 미상이다.
비는 장방형(長方形)의 기초석(基礎石) 위에 비신(碑身)을 세웠으며 비신 위에는 기와지붕 모양의 비갓을 사실적으로 표현하여 올려놓았다. 1996년 1월 5일에 충청북도 기념물로 지정되었다.
임진왜란 때 순절한 의병장 조헌을 배향하는 대표적인 서원의 하나이다.