백제 때 창건되었다고도 하나 경내에 있는 불상이나 석조 유구들의 시기가 백제까지 올라가지는 않는다. 사찰 뒤편 야산에는 2000년 전라북도 유형문화재(현, 전북특별자치도 유형문화유산)로로 지정된 자연 암석에 새겨진 마애여래좌상이 있는데 고려시대 것으로 추정된다. 따라서 운선암 역시 고려시대의 사찰이 있었을 가능성이 있다. 폐사 시기도 알 수 없으며, 19세기 정주원(鄭柱元)이 미륵불을 모셨다고 하는데, 이때 중창된 절 역시 1950년 6·25전쟁 때 소실되었다가 1953년 법당과 요사채를 새로 지어 현재에 이른다.