9세기 초인 809년(헌덕왕 원년)에 승려 대각(大覺)에 의해 창건되어 국운 창달을 기원했다고 전해진다.그러나 현존하는 오층석탑이 만들어진 시기가 7세기 말부터 8세기로 추정되고 있어 나원사(羅原寺)의 개창도 좀 더 앞당겨볼 수 있다. 사찰과 관련한 자세한 내력은 전하지 않는다.
경상북도 경주시에 있는 사원으로 1975년에 복원되었다. 1962년 국보로 지정된 ‘경주나원리오층석탑(慶州羅原里五層石塔)’의 존재와 ‘나원리(羅原里)’라는 지명을 고려해 ‘나원리사지(羅原里寺址)’로 불렸다. 또한 ‘난원사터’라고도 불렸으며, 창건주의 이름을 따라 대각암(大覺庵)이라 불리기도 했다고 한다. 1966년 ‘경주나원리오층석탑’의 해체 수리 과정에서 사리장엄구와 『무구정광대다라니경』 묵서경편(墨書經片)이 3층 옥개석 상단에서 발견되었는데, 이를 참고하면 탑의 조성 연대는 대략 7세기 말부터 8세기 정도로 추정된다. 국보인 이 석탑은 백색을 띠는 화강암으로 만들어졌고 이중 기단에 5층 탑신을 올린 형태이다. 나원사 입구에는 장대석 및 석탑재 등이 있으며, 사지 주변에서는 통일신라부터 고려시대까지의 토기와 기와 조각이 발견되었다. 한편 현재 복원된 나원사 근처인 현곡면 나원리 411에도 나원리 사지로 불리는 곳이 있는데, 근처 민가에 옥개석 1점이 전하고 있으며 마을 서쪽 구릉 하단 분묘에는 기단석과 탑신 등이 남겨져 있다. 또한 적은 양이지만 통일신라시대의 토기와 기와 조각이 출토된 적이 있다.